Анадырский район образован в 1927 году. В 2008 году муниципальные образования "Анадырский муниципальный район" и "Беринговский муниципальный район" были объединены в новый Центральный район, но к концу того же года Центральный муниципальный район переименован в объединенное муниципальное образование "Анадырский муниципальный район". Административным центром муниципального района в разные годы были различные населенные пункты - п. Шахтерский, пгт. Угольные Копи, ныне центром МО является город Анадырь, но сам город не входит в состав района, являясь отдельным городским округом. В состав района до 2025 года входили городские поселения Беринговский, Угольные Копи и несколько сельских поселений. Законом Чукотского автономного округа от 20 мая 2025 года Анадырский муниципальный район преобразован в Анадырский муниципальный округ.
Флаг Анадырского района утвержден решением Совета депутатов Анадырского муниципального района от 13 февраля 2008 года № 159 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №3969. Описание флага:
"Прямоугольное синее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с узкой полосой вдоль нижнего края, составленной из красных (сверху) и белых треугольников; соотношение синих участков и полосы - 14:1:3. На верхней синей части полотнища, вплотную к полосе, изображен северный олень, а в верхнем углу у свободного края - птица на фоне солнца; ниже полосы изображены две рыбы; изображения выполнены белым и желтым цветами".
Обоснование символики флага Анадырского муниципального района.
Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает природно-географические, экономические и культурные особенности района.
Анадырский район самый крупный среди районов Чукотского автономного округа. Природа его богата и разнообразна - от холодных горных тундр севера до непроходимых стланиковых зарослей юга района.
Анадырский район играет ведущую роль в оленеводстве и рыбном промысле Чукотки.
Северный олень, изображенный на флаге, играет огромную роль в жизни местного населения: это и транспорт и пища, и теплая одежда. Отношение к оленям здесь особое, они герои многих легенд и преданий, передаваемых из уст в уста, от поколения к поколению. Пояс из серебряных и красных треугольников, являющийся частью народного орнамента, аллегорически символизирует мирную жизнь многонационального района - здесь проживают чукчи, чуванцы, ламуты, юкагиры, эвены, русские.
Реки района богаты рыбой: сиг, хариус, чир, щука, кета водятся в местных реках в изобилии, это на флаге отражено изображением двух золотых рыб.
Летящая на фоне солнца чайка аллегорически символизирует район как воздушные ворота Чукотки. Здесь расположен аэропорт и международный аэровокзальный комплекс.
Использование на флаге желтого (золото) и белого цвета (серебро) символизирует промышленную добычу этих металлов в районе. Здесь также выявлено и разведано одно из крупнейших в мире месторождений ртути - Тамватнейское.
Золото - символ богатства, стабильности, энергии, уважения и интеллекта.
Серебро - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания, а также бескрайних северных просторов.
Синий цвет - символ чести, благородства, духовности, чистого неба и синего моря.
Красный цвет - символ труда, мужества, силы, красоты и праздника.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Фефелова (Балашиха);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).
Использованы материалы сайта "Союза геральдистов России"
30 мая 2008 года Анадырский район был объединен с Беринговским районом, новый муниципальный район стал называться Анадырским.
Решением Совета депутатов Анадырского муниципального района от 10 апреля 2009 года № 88 "О флаге Анадырского муниципального района Чукотского автономного округа" было утверждено Положение о порядке использования флага Анадырского муниципального района и изображение флага. Там продублировано описание флага.
По материалам геральдического архива В.Маркова - тексты взяты из открытых законодательных баз данных.
После преобразования муниципального района в муниципальный округ (2025) флаг не изменился.