В 1963 году создан Амурский промышленный район Хабаровского края, в 1965 году он преобразован в Амурский район (и несколько расширил территорию). В 2004 году муниципальное образование в границах района получило статус муниципального района. В его составе созданы городские поселения "город Амурск" и "Эльбанское", а также несколько сельских поселений.

Флаг Амурского района утвержден Решением совета депутатов № 297 от 27 декабря 2006 года. Автор флага - Валерий Александрович Суслов. Официальное описание флага Амурского района:

"В основу цветового решения флага Амурского района легли цвета флага Хабаровского края, в состав которого входит район. (голубой и зеленый). Флаг разделен на три горизонтальные полосы, визуально предполагающие три стихии, а именно – воду, землю (лес), и воздух. В центре расположен символ Амурского района желтого цвета, являющего основной частью герба Амурского района".

По материалам сайта Правительства Хабаровского края (по сообщению В.Попоски)