Флаг Аллагинского наслега утвержден решением наслежного Совета депутатов СП «Аллагинский наслег» МР «Сунтарский улус (район)» № 02 от 28.03.2023 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 14843. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба сельского поселения «Аллагинский наслег» МР «Сунтарский улус (район)» Республики Саха (Якутия) в синем, зеленом, желтом, белом цветах".

Коновязь с чороном символизирует коневодство, головы животных - скотоводство.

Материалы геральдического архива В.Маркова (г.Санкт-Петербург)