Флаг Алькеевского муниципального района утверждён Решением Совета МО от 1 июня 2006 года №53 [согласно сайту СГР - № 52] "Об утверждении флага Алькеевского муниципального района". Тогда же утверждены Положение о флаге, рисунок флага. Согласно тексту Положения о флаге:

"3. Описание и обоснование символики флага Алькеевского муниципального района
3.1. Описание флага Алькеевского муниципального района:
"Флаг Алькеевского муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделенное по горизонтали на две равные полосы - желтую и зеленую, и несущее посередине голубой ромб, достигающий верхним и нижним углами краев полотнища; в ромбе белым, черным, желтым, красным и малиновым цветами изображен всадник из герба района, зеленое знамя воина выходит за пределы ромба".
3.2. Обоснование символики флага Алькеевского муниципального района.
Флаг разработан на основе герба района.
Древняя Алькеевская земля богата историческими традициями. Ее территория являлась одним из центров государства волжских болгар - предков современных татар. По народному преданию свое название край получил от булгарского Алп-батыра, о чем говорит изображение всадника на флаге. Алькеевская земля является традиционно аграрным районом. Четыре поля полотнища - зеленые и желтые аллегорически показывают сельскохозяйственный цикл, основанный на смене времен года.
Желтый цвет (золото) в геральдике - символ урожая, изобилия, стабильности, уважения и интеллекта.
Белый цвет (серебро) в геральдике - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Красный цвет - символ труда, силы, мужества, красоты.
Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности.
Зеленый цвет символизирует природу, здоровье, жизненный рост.
Малиновый - цвет славы, почета и величия.
Черный цвет - символ мудрости, скромности, вечности бытия.
3.3. Авторская группа:
разработка флага произведена геральдическим советом при Президенте Республики Татарстан совместно с Союзом геральдистов России в составе:
Рамиль Хайрутдинов (Казань). Радик Салихов (Казань), Константин Моченов (Химки), Кирилл Переходенко (Конаково), Оксана Афанасьева (Москва);
при участии: Фердината Давлетшина (Алькеевский район) и Юсуфа Зарипова (Алькеевский муниципальный район), Радика Мингазова (г.Чистополь).

Использованы материалы сообщений К.Ф.Мочёнова (Союз геральдистов России)

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2640 и в Государственный геральдический реестр Республики Татарстан под №59.