Флаг Ахматовского сельского поселения утверждён Решением Собрания депутатов Ахматовского СП от 18 февраля 2019 года № 34/01. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 12334.

Описание флага Ахматовского сельского поселения Алатырского района Чувашской Республики
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Ахматовского сельского поселения в красном, белом, жёлтом и чёрном цветах.

Обоснование символики герба СП
Герб Ахматовского сельского поселения языком символов и аллегорий отражает его экономические и культурные особенности. Село Ахматово, историческое название Баево Ахматово, возникло в XVII в. Жители – русские, до 1861 г. помещичьи крестьяне Чуфаровых; занимались сельским хозяйством, ремеслом, отхожими промыслами.
Две серебряные птицы символизируют птицесовхоз, где в течение многих лет трудились сельчане. Впоследствии совхоз перешел в состав треста «Чувашптицепром», основной продукцией которого были яйца и мясо птицы. Золотые свитки в лапах птиц не случайны. В храме Покрова Пресвятой Богородицы, построенного в селе Ахматово еще в 1776 г., был записан и крещен будущий выдающийся скульптор С.Д. Эрзя (Нефедов).
Смотрящие в разные стороны и соединенные крыльями птицы обозначают вехи истории. Село в разные периоды находилось в составе Ардатовской волости Ардатовского уезда (XVIII в. – 1920), Алатырской волости Алатырского уезда (1920 – 1927), Алатырского района (с 1927 г.). Сложенные в кольцо восемь дубовых листьев образуют восьмиконечную звезду. Это одна из форм Вифлеемской звезды. Олицетворяет действующий храм Покрова Пресвятой Богородицы. Листья дуба символизируют силу, прочность, долголетие. Красное поле щита и наконечник стрелы перекликаются с гербом Алатырского района, что означает единство и общность территории муниципальных образований.

Авторская группа.
Художник и автор идеи флага: Вадим Шипунов;
компьютерный дизайн: Дмитрий Шипунов (все – Мариинский Посад);

По сообщению В. Пермякова