Административный центр района - пгт.Агаповка. В 1924 году в составе Челябинской губернии был образован Магнитный район, из большей части который 3 февраля 1935 года был создан новый Агаповский район (другая часть Магнитного района была отнесена к г.Магнитогорску), центр которого в ноябре 1940 года был перенесен в село Агаповка, получившее в октябре 1942 года статус рабочего поселка. С 2004 года муниципальное образование именовалось Агаповский муниципальный район. В марте 2025 года Агаповский муниципальный район преобразован в Агаповский муниципальный округ.

Флаг Агаповского района утвержден Постановлением № 87 районного Совета депутатов 27 сентября 2002 года. Авторы: К.Моченов, Г.Туник, С.Исаев. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделённое по горизонтали на две неравные полосы: верхнюю жёлтую в 2/3 ширины полотнища и нижнюю в 1/3 ширины полотнища, выщербленную посередине и рассеченную пополам на синюю и красную части и воспроизводящее в центре композицию из герба района: зеленый трилистник на жёлтом фоне".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 1019.

С любезного разрешения К.Ф.Мочёнова использованы материалы книги: К.Ф.Мочёнов, Г.А.Туник "Официальные символы Челябинской области и муниципальных образований"