Абинский район образован в 1924 году. Упразднялся в 1932-34 гг. и 1963-66 гг (в 1963-66 гг существовал сокращенный по территории "Абинский промышленный район"). Муниципальное образование в границах района в 2004 году наделено статусом муниципального района. До 2024 года официальным названием МО было "муниципальное образование "Абинский район". С 2024 года - "Абинский муниципальный район" (но допускаются и сокращенные наименования "муниципальное образование Абинский район" и "Абинский район".

Флаг Абинского района разработан на основе районного герба "Союзом геральдистов России", Утвержден решением Совета местного самоуправления Абинского района Краснодарского края от 24 ноября 2004 № 627-с и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1731. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделенное на две неравные горизонтальные полосы - зеленую, занимающую 7/10 полотнища, и голубую; посередине полотнища, на зеленой полосе, вплотную к голубой, воспроизведено желтое с черными контурами и элементами крепостное укрепление с башней".
Обоснование символики флага Абинского района.
За основу флаг Абинского района взят герб Абинского района. Изображения крепостного укрепления, построенного казаками на берегу реки Абин, дало название районному центру - городу Абинску и показанную волнообразным поясом.
Зеленое поле символизирует богатую природу района, его развитое сельское хозяйство. Зеленый цвет - символ плодородия, надежды, здоровья.
Желтый цвет (золото) символизирует богатство, справедливость, уважение, великодушие.
Белый цвет (серебро) - чистота, невинность, непорочность, мудрость, радость.
Черный цвет в геральдике символизирует мудрость, скромность, честность и вечность бытия.
Авторская группа:
Евгений Спрыгин (Абинск);
Михаил Шарунов (Краснодар);
Василий Сапелкин (Туапсе);
Константин Мочёнов (Химки);
Галина Русанова (Москва).

Иллюстрация взята из журнала "Гербовед" № 83