Флаг района Братеево повторял композицию герба района. Официальных документов об утверждении флага района, видимо, не сущетствовало.

Материалы архива И.С.Сметанникова (г.Монино)

Флаг муниципального образования Братеево утвержден решением муниципального Cобрания от 19 апреля 2004 года № МБР-03-09/04. Описание флага:

"Флаг муниципального образования Братеево представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
Полотнище флага состоит из двух горизонтальных полос: верхней красной и голубой. Ширина красной полосы составляет 13/20 ширины полотнища.
В центре красной полосы помещено изображение белой братины с черным орнаментом. Габаритные размеры изображения составляют 3/8 длины и 1/2 ширины полотнища.
В центре голубой полосы помещено изображение двух белых рыб, обращенных навстречу друг другу. Габаритные размеры изображения составляют 2/3 длины и 1/5 ширины полотнища".

"Серебряная братина в красном поле символизирует название муниципального образования. Братина - старинный древнерусский сосуд, из которого на братских пирах (на всю братию) пили воду, квас, бражку, медовуху. Названию сосуда послужило его применение, оно было достаточно емким: в сосуд наливалось вино, пиво и т.д., которые пили, передавая по кругу, то есть как братья, одна семья. Братина имеет шаровидную форму, изготавливалась из дерева, меди, серебра, золота. Братина является символом братства, дружбы, доверия и сплоченности. Серебряные рыбы символизируют нахождение Братеево на месте слияния рек, когда-то вливавшихся в Москву-реку, и указывают на занятие прежних жителей данной территории рыбным промыслом".

Использованы материалы сайта Правительства Москвы

Тот же флаг переутвержден для муниципального округа Братеево Решением Совета депутатов муниципального округа Братеево № МБР-01-03-26/19 от 19 марта 2019 года. Художники только немного изменили оформление братины и детали прорисовки рыб.

"2.1. Описание флага муниципального округа Братеево гласит:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба муниципального округа Братеево, выполненные красным, синим, черным и белым цветом».

"2.2. Обоснование символики флага муниципального округа Братеево.
Флаг муниципального округа Братеево создан на основе герба муниципального округа Братеево и повторяет его символику.
Братина в красном поле символизирует название муниципального округа. Братина – старинный древнерусский сосуд, из которого на братских пирах (на всю братию) пили воду, квас, бражку, медовуху. Братина имела шаровидную форму, изготавливалась из различных материалов: серебра, золота, меди, дерева. В братину наливалось вино, пиво и другие напитки, которые пили, передавая по кругу, то есть как одна семья, братья, благодаря чему сосуд и получил свое название.
Братина является символом братства, дружбы, доверия и сплоченности.
Фигуры рыб символизирует нахождение муниципального округа Братеево на излучине Москвы-реки, с притоком реки Городни, и указывает на рыбный промысел, который активно вели в прошлом местные жители
Примененные во флаге цвета символизируют:
красный цвет (червлень) – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника;
синий цвет (лазурь) – символ мира, искренности, чести, славы, преданности, истины и добродетели;
черный цвет – символ плодородия, мудрости, скромности, вечности бытия;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.

По информации В. Маркова

В апреле 2019 года флаг также внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12276. А в июне того же года обновленный герб внесен в Геральдический реестр города Москвы под номером МС № 14/2.