Магаданская область образована 3 декабря 1953 года, большая часть её входила до того в Хабаровский край.

Флаг области утвержден Законом Магаданской области от 28 декабря 2001 года N 219-OЗ "О флаге и гербе Магаданской области". Этот Закон вступил в силу с 29 декабря 2001 года.

1. Флаг Магаданской области представляет собой четырехугольное алое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение областного герба в левой верхней части над синей (голубой, лазоревой) полосой, расположенной по нижнему краю полотнища, шириной 1/4 от общей высоты полотнища, равномерно разделенной двумя чешуйчато-изогнутыми полосами белого (серебряного) цвета. С левой стороны флаг имеет полосу для крепления древка..

...

В общем фигуры герба символизируют главные отрасли промышленности области: горнодобывающую, рыбную, энергетику и транспорт.

...

Закон о гербе и флаге изменялся:
- Законом Магаданской области от 07.07.2003 N 366-ОЗ
- Законом Магаданской области от 15.03.2005 N 583-ОЗ
- Законом Магаданской области от 10.01.2006 N 667-ОЗ
- Законом Магаданской области от 28.04.2010 N 1269-ОЗ
- Законом Магаданской области от 19.07.2011 N 1407-ОЗ
- Законом Магаданской области от 28.12.2011 N 1462-ОЗ
- Законом Магаданской области от 28.04.2014 N 1741-ОЗ

2 июня 2017 года в Магаданской области объявлен конкурс на лучший проект новых флага и герба области. Конкурсная комиссия во главе с губернатором В. Печеным не смогла определить лучший проект, все материалы были переданы в геральдическую комиссию Магаданской области для дальнейшей работы. В Геральдический совет при президенте было направлено несколько проектов герба и флага: "Золотой олень", "Золотой мамонт", "Белоплечий орлан". Наибольшую поддержку геральдического совета получил проект "Золотой мамонт" Константина Кузьминыха. "Белоплечего орлана" совет при президенте посчитал перегруженным деталями, а "Золотого оленя" - вторичным по отношению к городскому гербу. 26 ноября 2018 года областная Комиссия по геральдике рассмотрела ответ из Геральдического совета при президенте РФ; авторам предложено до 28 февраля 2019 года доработать свои проекты.

Источник - "Весьма"

В ходе муниципальной реформы нач. 2000-х в Магаданской области были созданы муниципальный районы и в их составе городские и сельские поселения. Несколько позже (2014-2015 гг) в границах административных районов Магаданской области созданы муниципальные образования типа "городской округ", сельские и городские поселения, ранее входящие в состав муниципальных районов упразднены. В 2022 году почти все "городские округа" преобразованы в "муниципальные округа". Соответственно сейчас муниципальная организация области выглядит так:
городские округа:
город Магадан;
муниципальные округа:
Ольский, Омсукчанский , Северо-Эвенский, Среднеканский, Сусуманский, Тенькинский, Хасынский, Ягоднинский.
- городские поселения (к настоящему моменту все упразднены):
посёлок Бурхала, посёлок Дебин, посёлок Дукат, посёлок Ола, поселок Оротукан, посёлок Палатка, посёлок Сеймчан, посёлок Синегорье, город Сусуман, посёлок Усть-Омчуг, посёлок Эвенск, посёлок Ягодное и др.
- сельские поселения (к настоящему моменту все упразднены):