Муниципальный округ Бекасово создан в 2024 году в Троицком районе Москвы из бывших поселения Киевский и части поселения Новофедоровское.

Флаг муниципального округа Бекасово утвержден Решением Совет депутатов ВМО муниципального округа Бекасово от 20 января 2025 года № 11/01 "Об официальных символах (гербе и флаге) внутригородского муниципального образования - муниципального округа Бекасово в городе Москве". Согласно тексту Положения о флаге:

2.1. Описание флага муниципального округа Бекасово:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, .... воспроизводящее посередине композицию фигур из герба муниципального образования Бекасово с заменой геральдических золота и серебра желтым и белым цветами соответственно".
2.2. Обоснование символики (семантика) флага муниципального округа Бекасово.
Флаг разработан на основе герба и повторяет его символику.
Фигуры и цветовая гамма взяты из гербов муниципальных образований, вошедших в состав нового муниципального округа, таким образом, подчеркивается территориальная преемственность муниципального образования.
Бекас - из герба поселения Киевский в городе Москве, также фигура бекаса - гласный символ, указывающий на наименование муниципального округа «Бекасово».
Пылающий меч архангела Михаила - из герба поселения Новофедоровское в городе Москве, в котором он указывал на построенный во второй половине XVII столетия в деревне Белоусово храм, освященный в честь Михаила Архангела ставший местной почитаемой святыней.
Лилия, символизирует главную святыню, расположенную на территории муниципального образования – ставропигиальный женский монастырь Троице-Одигитриевская Зосимова пустынь, основанный в 1826 году преподобным старцем Зосимой. И как символ Богородицы – на один из главных храмов пустыни – церковь во имя иконы Божией Матери Одигитрии.
Символику флага дополняют использованные цвета, имеющие свою традиционную символику:
Желтый (золото) - символ интеллекта, уважения, стабильности;
Белый (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания;
Синий цвет - символ чести, благородства, духовности;
Зеленый цвет - символ жизни, возрождения и роста, в муниципальной геральдике часто отражает природные богатства местности.

По информации В. Маркова