В первые годы независимости в Молдове действовало доставшееся от советской системы деление на районы. В 1998-2003 годах страна делилась на 9 (затем 10) уездов: Уезд Бэлць, Уезд Кахул, Уезд Кишинеу , Уезд Единец, Уезд Лэпушна , Уезд Орхей , Уезд Сорока, Уезд Тигина, Уезд Унгени, Уезд Тараклия; один муниципалитет Кишинев и две территории: Приднестровье, Гагаузия. Современная Молдова согласно Закону РМ от 27 декабря 2001 года административно разделена на 32 района.

Флаги уездов Молдовы были разработаны в Национальной комиссии по геральдике в 2001 году. Через два десятка лет после упразднения уездов, Решением Национальной комиссии по геральдике № 82-VI.01 от 22 марта 2022 года все флаги уездов Молдовы были внесены в Общий гербовник Республики Молдова, в раздел знаков, выведенных из обращения.

Уезд Бэлць

Флаг уезда Бэлць утвержден Решением Национальной комиссии по геральдике № 35-II.01 от 19 февраля 2001 года и Решением уездного совета Бэлць № 2/7 от 22 марта 2001 года. Им стало полотнище, разделенное по-вертикали на две части: белую и красную. На красной полосе - белая голова лошади. Соотношение длины и ширины полотнища - 2:1. Цвета взяты с герба уезда.

Уезд Единец

Флаг уезда Единец утвержден Решением Национальной комиссии по геральдике №62а-II.01 от 27 мая 2002 года.

Уезд Кахул

Флаг уезда Кахул утвержден Решением Национальной комиссии по геральдике №35-II.01 от 19 февраля 2001 года. Флаг создан по мотивам герба уезда. Желтый стенчатый пояс символизирует "вал Траяна", проходящий через территорию уезда.

Уезд Кишинэу

Флаг уезда Кишинэу утвержден Решением Национальной комиссии по геральдике №35-II.01 от 19 февраля 2001 года.

Уезд Лэпушна

Флаг уезда Лэпушна утвержден Решением Национальной комиссии по геральдике №35-II.01 от 19 февраля 2001 года.

Уезд Орхей

Флаг уезда Орхей утвержден Решением Национальной комиссии по геральдике №35-II.01 от 19 февраля 2001 года.

Уезд Сорока

Флаг уезда Сорока утвержден Решением Национальной комиссии по геральдике №35-II.01 от 19 февраля 2001 года.

Уезд Тараклия

Флаг уезда Тараклия утвержден Решением Национальной комиссии по геральдике №35-II.01 от 19 февраля 2001 года. Уезд населен в основном болгарами, поэтому на флаге использованы болгарские национальные цвета. В центре тамга "тарак" - гласный символ.

Уезд Тигина

Флаг уезда Тигина утвержден Решением Национальной комиссии по геральдике №35-II.01 от 19 февраля 2001 года. Зубчатая полоса символизирует "вал Траяна", проходящий по территории уезда.

Уезд Унгень

Флаг уезда Унгень утвержден Решением Национальной комиссии по геральдике №35-II.01 от 19 февраля 2001 года.

По материалам сообщения Alex Danes в веб-конференции "Flags of the Worlds" со ссылкой на публикации Сильвиу Табака