Вилкишкское староство входит в состав Пагегского самоуправления в Таурагском уезде. Центр - местечко Вилькишкяй (Vilkyškiai).

Флаг Вилькишкяя повторяет герб местечка Вилькишкяй, утверждённый 16 мая 2006 года по проекту Роландаса Римкунаса (Rolandas Rimkūnas). На зеленом полотнище изображена повозка с книгами. Над ней три серебряных восьмилучевых звезды. Бахрома золотая.

Вилькишкяй был одним из важных пунктов поставки книг на литовском языке, печатаемых в Малой Литве, на территорию зависимых от Российской империи литовских земель. Звезды символизируют знание и возрождение.

Использован рисунок В.Мисюнаса для сайта Flags of the World