Флаг Самоуправления Шяуляйского района - белое полотнище (традиционный цвет знамён в Самогитии) с золотой бахромой. В центре герб Шяуляйского района (утв. 19.2.2002 г.) в окружении 11 золотых звезд, символизирующих 11 староств. В гербе на синем поле изображен серебряный медведь с топором и щитом, что символизирует победоносную битву с Ливонским Орденом при Сауле в 1236 году (это первое упоминание о существовании Шяуляя). Щит усеян крестиками, что символизирует известный историко-культурный объект Холм Крестов.

Использован рисунок В.Мисюнаса для сайта Flags of the World