Пакуонисское староство входит в состав Самоуправления Пренайского района в Каунасском уезде Литвы. Центр - местечко Пакуонис (Pakuonis).

Флаг Пакуониса повторяет композицию герба, утвержденного 23 апреля 2004 года по проекту Роландаса Римкунаса (Rolandas Rimkūnas). На зелёном полотнище цветущая золотыми и серебряными цветами, внизу волнистый серебряный пояс. Полотнище имеет тонкую золотистую кайму по трём сторонам.

Волнистый пояс символизирует реку Куоне, давшую название местечку, яблоня - одно из занятий жителей.

Использован рисунок В.Мисюнаса для сайта Flags of the World