Город Молетай является центром Самоуправления Молетского района.

Флаг Молетая - синее полотнище (цвет "ультрамарин") с горизонтальными волнистыми белыми линиями, между которыми белые звёздочки. Флаг имеет белую бахрому, между синим полотнищем и бахромой имеется оранжевый кант. В центре полотнища герб Молетая. Проект флага одобрен муниципальным советом 15 июня 1994 года. 2 октября 2014 года флаг был утвержден Геральдической комиссией Литвы - по рисунку Нериюса Трейниса (Nerijus Treinys). Автор флага - Р. Микневичюс.

.