Флаг Самоуправления Каунасского района в общем повторяет герб этого самоуправления, утверждённый 28 февраля 2005 года (эталонный рисунок выполнил Арвидас Каждайлис (Arvydas Každailis). На синем полотнище изображен серебряный вилообразный крест, в середине на красном щитке серебряная голова быка, увенчанная золотым крестом. По трём сторонам полотнище обшито золотым шнуром.

Золотой или желтый цвет означает великодушие, благоразумие, серебро - честность, чистоту, красный - мужество, любовь, синий - верность, божественную мудрость, справедливость и стабильность.

Использован рисунок В.Мисюнаса для сайта Flags of the World