Флаг Наукшенского края презентован 15 ноября 2013 года. Полотнище разделено по-диагонали. Верхняя золотая часть символизирует солнце и энергичных людей, которые живут и работают в Наукшени. Нижняя синяя часть символизирует мир и стабильность в регионе, а также близость границы Эстонии.

Источник - http://www.naukseni.lv/?lang=1&id=119.