Образован в 2003 году как самоуправление в составе Даугавпилсского района, после упразднения которого 1 июля 2009 года стал самостоятельным краем. В 2021 году Илукстский край вошел в состав Аугшдаугавского края..

Решение № 263 о гербе и флаге Илкустского края (ещё в составе Даугавпилсского района) принято 25 мая 2006 года. Судя по тексту, в том первом документе в описании герба еще нет каймы... Флаг уже тогда был белым с зелёной надписью "ИЛУКСТСКИЙ КРАЙ". Было решено просить Министерство культуры зарегистрировать герб и флаг.

27 августа 2009 года Совет Илукстского края решением №15 утвердил Обязательные правила №18/2009 «О муниципальной символике Илукстского края», в разделе 4 которых описан флаг края:

"4.1. Флаг Илукстского края – прямоугольное полотнище белого цвета, отношение длины и ширины которого составляет 2:1.
4.2. В середине флага изображен герб Илукстского края, под которым зеленым цветом написано «Ilūkstes novads» (Илукстский край)".

Использована информация и изображение с официального сайта Совета Илукстского края

Любопытно, что на фотографиях членов Совета края 2009 и 2013 года представлен "неправильный" герб края, без каймы, и такой же герб на белом полотнище флага.