Церемония избрания ханом Манаса, внука Ногоя, в классических вариантах эпоса описана так:
         Жакып на той народ созвал,
         И вновь Ногоя синий флаг,
         Затрепетал на весь Алтай.
         И девяносто кобылиц
         Зарезал старый скупердяй...

В эпосе "Манас" под редакцией акад. Б. Юнусалиева (1958) описаны флаги Манаса перед покиданием его народом Алтая, унаследованные им от Ногоя - голубой и красный.
         На древке белом красный флаг
         Команды, крики, шум людской,
         Здесь стяг трепещет голубой.
         Шумит народ, как гром небес.
         Сам лев Манас гарцует здесь,
         Куда ни глянь — из края в край
         Людьми заполнился Алтай

В мирных церемониях использовался, видимо, голубой флаг. Cцена начала похода Манаса на родину ("Манас", сост. Б. Жакиев, 2007 г):
         Свой флаг небесно-голубой
         Поднял Манас над головой.
         И, бросив клич: "Кыргыз, вперед!"
         На родину повел народ.

В боевых походах Манас использует красные флаги:
         И копья, словно лес густой,
         Сверкали сталью голубой.
         С зеленым древком красный стяг
         Затрепетал над головой.
         Под ним когда-то хан Ногой
         Водил войска на смертный бой.
         Теперь повел их хан Бакай

Такие же красные кровавые флаги использовали в боевых действиях и противники Манаса Панус-хан ("... под красным флагом Панус-хан пошел войной на Чуйский край"), Текес. Т.е., видимо, это был именно военный армейский символ.

В эпосе "Манас" описан поход Манаса в Китай (где погиб и сам Манас и все его батыры):
         На древке белом красный стяг.
         И грозный клич, идущих в бой.
         На синем древке красный стяг.
         Дрожит от грозных криков враг.

Источник - статья народного писателя Мара Байджиева, "Новая литература Кыргызстана" (публикация 2013 г.)