Поместье Аллацкиви (нем.Allatzkiwi) было построено в 1601 году. В 1628 году было подарено шведским королём Густавом II Адольфом своему секретарю Йохану Адлеру Сальвиусу (Johan Adler Salvius).

Эталонное изображение флага Алатскивиской волости было утверждено 11 февраля 1992 года государственным секретарем Эстонской Республики с описанием: «Прямоугольный флаг разделен по горизонтали на три цветных полосы: сверху и снизу зеленые, каждая по 1/4 ширины флага, средняя белая с изображением в середине герба волости». 20 марта 1997 года в описание были внесены изменения и в § 8 (Символы волости) устава Алатскивиской волости, принятого 23 ноября 2006 года решением №23 волостного Совета, флаг описан следующим образом:

"(3) Флаг Алатскивиской волости есть гербовый флаг. Ширина и длина флага относятся как 7:11, нормальные размеры 105х165 см. Полотнище флага разделено по горизонтали на четыре части, нижняя и верхняя части зеленые, две средние – белые, с изображением герба Алатскивиской волости"

Использованы материалы официального сайта Алатскивиской волости и сайта Государственной канцелярии Эстонской Республики

По данным сайта Правительства Эстонии флаг Алатскивиской волости утвержден 20 марта 1997 года.

В 2017 году Алатскивиская волость вошла в состав Пейпсияяреской (Чудскоозерной) волости.