В 1991 году установлеа правовая база для создания Военно-морских сил Азербайджана.

После распада СССР Азербайджану достались все базы Каспийской флотилии, располагавшиеся на территории страны, а также четверь кораблей Каспийской флотилии. На кораблях, доставшихся Азербайджану, подняли государственный флаг республики.

В частности на сайте http://www.azerizv.az/article.php?id=10205 сказано: 26 июля 1992 года на корабле "Бакинец" ("Бакылы") был поднят трехцветный государственный флаг независимого Азербайджана. Этот корабль стал первым поднявшим такой флаг.

В 1996 году были подготовлены проекты комплекса военно-морских флагов Азербайджана. 4 ноября 1997 года эти флаги были утверждены Законом "О военно-морских флагах Азербайджанской Республики". Кормовым флагом ВМС Азербайджана стало белое полотнище с голубой полосой, имитирующей морские волны, по нижней кромке. У древка - красные полумесяц и звезда, в вольной части - синия якорь, обвитый канатом. Прообразом флага вероятно стал флаг ВМФ СССР.

Вымпел кораблей ВМС [утв. 4.11.1997] трёхцветный цветов национального флага, в головке флаг ВМФ.

Флаг вспомогательных судов ВМС [утв. 4.11.1997] - тёмно-синее полотнище, в крыже - флаг ВМФ.

Флаг Главнокомандующего Вооруженными силами Республики Азербайджан (коим является Президент Азербайджана) [утв. 4.11.1997] "представляет собой полотнище белого цвета с тремя горизонтальными полосами цвета Государственного флага Азербайджанской Республики и двумя идущими волнистыми полосами синего цвета по нижнему краю. В центре флага размещено изображение Государственного герба Азербайджанской Республики. Отношение ширины к длине флага составляет 1:1,5. Ширина полос цвета Государственного флага Азербайджанской Республики составляет 1/10 ширины флага. Наибольший диаметр Государственного герба Азербайджанской Республики составляет 1/2 ширины флага; его нижние точки составляют 1/5 ширины флага от задней кромки узкой синей полосы".

Законом АР от 3 декабря 2019 года № 1730-VQD в Закон военно-морских флагах 1997 года внесены изменения - флаг Главнокомаднующего отменен.

Флаг Министра обороны [утв. 4.11.1997] повторяет кормовой флаг ВМС, но эмблемы наложены на широкую голубую полосу, якорь обрамлен золотым венком, перевязанным лентой национальных цветов.

Флаг Командующего ВМС [утв. 4.11.1997] повторяет кормовой флаг, но якорь обрамлен золотым венком, перевязанным лентой национальных цветов; полумесяц и якорь наложены на две узких горизонтальных голубых полосы.

Флаг Начальника Штаба ВМС [утв. 4.11.1997], то же, но горизонтальная синяя полса одна.

Флаг командира группы кораблей [утв. 4.11.1997]. То же, но без горизонтальных синих полос.

Брейд-вымпелы имеют [утв. 4.11.1997] в головке флаг ВМС, косицы: у командира группы - красные, у командира дивизиона - синие, у старшего на рейде (?) - белые.

Текст страницы составлен по материалам вексиллологического архива А.Басова. Документ 1997 года - база законодательства АР

С 7 августа 2000 года на всех кораблях ВМС Азербайджана поднимается флаг Военно-морских сил.

Источник - информация на сайте Министерства обороны Азербайджана