В 1925 году в составе Казахской АССР была образована Каракалпакская автономная область, 20 июля 1930 года она непосредственно вошла в РСФСР. 20 марта 1932 года образована Каракалпакская Автономная Советская Социалистическая Республика в составе РСФСР. II съезд Советов Каракалпакской АССР (21-25 декабря 1934 года) принял Конституцию, в которой впервые появилось описание флага Каракалпакстана:

"Ст.109. Государственный флаг Каракалпакской Автономной Советской Социалистической Республики состоит из полотнища красного (алого) цвета, прямоугольного, с соотношением длины к ширине - как два к одному. В левом углу флага около древка помещаются золотые буквы "РСФСР" и "Каракалпакская АССР" - на каракалпакском и русском языках".

По материалам исследований А.Лукши (Латвия) известно, что существовали флаги, на которых название автономии было написано в одну строку на двух языках "КАРА-КАЛПАКСКАЯ АССР - QARA-QALPAQSTAN ASSR".

5 декабря 1936 года Каракалпакская АССР вошла в состав Узбекской ССР. Государственные символы закреплены Конституцией, принятой 3-м Чрезвычайным съездом Советов Каракалпакской АССР в октябре 1936 года (утверждена Президиумом ЦИК УзССР 29 сентября 1937 года), а точнее статьями 110 и 111. В Конституции флаг описан следующим образом:

"Статья 111. Государственным флагом Кара-калпакской Автономной Советской Социалистической Республики является государственный флаг Узбекской ССР, состоящий из красного полотнища, в левом углу которого, у древка наверху, помещены золотые буквы "Узбекская ССР" на узбекском языке с добавлением под надписью "Узбекская ССР" буквами меньшего размера надписи "Кара-Калпакская АССР" на кара-калпакском языке".

В 1952 году флаг Узбекистана был изменен, соответствующие изменения ждали и флаг Каракалпакской АССР. С 1950-х и до конца 1970-х годов флаг Каракалпакстана в точности повторял флаг Узбекистана.

По материалам В. Ревнивцева

По данным В. Соколова уже 5 сентября 1952 года ВС КАССР постановил изменить статью 157 Конституции КАССР. Новая редакция статьи:

"Статья 157. Государственным флагом Каракалпакской Автономной Советской Социалистической Республики является Государственный флаг Узбекской ССР, представляющий собой красное прямоугольное полотнище с голубой полосой посредине во всю длину флага. По краям голубой полосы проходят узкие белые каёмки. Голубая полоса вместе с белыми каёмками составляет одну пятую ширины флага. На верхней красной части полотнища флага, у древка, изображены золотые серп и молот и над ними обрамленная золотой каёмой пятиконечная звезда, а под ними золотыми буквами помещается надпись: "Каракалпакская АССР" на каракалпакском и русском языках, отношение ширины флага к его длине -1:2".

Т.е. уже с 1952 года на флаге Каракалпакстана появилось название республики... Пока эта информация вызывает определенные сомнения, возможно у В. Соколова датировка этого решения 1952-м годом не верна...

Порядок поднятия госфлага КАССР определен Постановлением ПВС КАССР от 26 апреля 1956 года. Указом ПВС КАССР от 7 января 1967 года в это Постановление внесены изменения (расширен список праздников, по которым поднимается флаг).

Новое Положение о Государственном флаге КАССР утверждено Указом ПВС КАССР от 31 августа 1981 года.

"1. Государственным флагом Каракалпакской Автономной Советской Социалистической Республики, в соответствии со статьей 157 Конституции Каракалпакской АССР, является Государственный флаг Узбекской ССР, представляющий собой красное прямоугольное полотнище с голубой полосой посредине во всю длину флага. По краям голубой полосы проходят узкие белые каёмки размером 1/100 ширины флага. Голубая полоса вместе с белыми каёмками составляет 1/5 ширины флага.
На верхней красной части полотнища флага, у древка, изображены золотые серп и молот и над ними обрамленная золотой каёмой пятиконечная звезда, а под ними золотыми буквами помещается надпись: "Каракалпакская АССР" на каракалпакском и узбекском языках. Отношение ширины флага к его длине -1:2.
Серп и молот вписываются в квадрат, сторона которого равна 1/5 ширины флага. Острый конец серпа приходится посередине верхней стороны квадрата, рукоятки серпа и молота упираются в нижние углы квадрата. Длина молота с рукояткой составляет 3/4 диагонали квадрата. Пятиконечная звезда вписывается в окружность диаметром в 1/10 ширины флага, касающуюся середины верхней стороны квадрата. Расстояние вертикальной оси звезды, серпа и молота от древка равняется 1/3 ширины флага. Расстояние от верхней кромки флага до центра звезды - 1/10 ширины флага. Надписи "Каракалпакстан АССРы" и "Коракалпогистон АССРы" размещаются горизонтально в две строки на расстоянии одной десятой ширины флага. Надписи вписываются в прямоугольник длиной в одну четвертую и шириной в одну десятую ширины флага".

После ослабления позиций коммунистической партии КАССР переименована cначала в Каракалпакскую Советскую Республику, а затем в Республику Каракалпакстан (14/1//1992). В 1991 году началась работа по созданию новых государственных символов - флага и герба.

Государственный флаг Каракалпакстана утверждён законом №229/XII от 14 декабря 1992 года. Флаг аналогичен флагу Узбекистана, но в середине белой полосы добавлена горизонтальная полоса охристо-коричневого цвета, а количество звёзд в верхней части полотнища изменено на 5. Статья 4 Закона устанавливает следующие нормальные размеры флага:
· длина полотнища - 250 см;
· ширина полотнища - 125 см;
· ширина синей, зелёной полос - 42 см;
· ширина полосы цвета охры - 34 см;
· ширина белых полос - 1см;
· ширина красных полос - 2,5 см.

Использованы материалы "Вексиллологического справочника по флагам Российской империи и СССР" В.Соколова, статей в бюллетене УГТ "Знак"