Флаг МО "Железногорский район" утвержден Решением Представительного Собрания Железногорского района от 17 июня 2021 года № 33-4-РС и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13585.

Описание флага Железногорского района:
"Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с изображением в центре полотнища композиции фигур из герба Железногорского района, выполненных белым, желтым, красным и синим цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Железногорского района.
Флаг Железногорского района составлен на основании герба Железногорского района и повторяет его символику.
Железногорский район получил свое название по молодому городу Железногорску, который начал строиться в 1957 году на месте разработок Михайловского железорудного месторождения Курской магнитной аномалии (КМА).
Восьмиконечная красно-синяя (червлено-лазоревая) звезда (аллегория знака «Роза ветров») дополняет «магнитную» символику флага, являясь аллегорией компаса и его стрелки. Звезда – символ путеводности, во все времена указывающая людям верный путь, символ достижения мечты, возвышенных устремлений и надежды.
Территория Железногорского района отличается чистотой и живописностью природы: открытая местность пересекается красивыми смешанными лесами, лугами с высокими густыми травами. Особенно привлекательны эти места весной, когда начинают зеленеть деревья и прилетевшие соловьи поют свои песни. Ветвь липы и поющий соловей в гербе отражают красоту окружающей среды.
Ветвь липы символизирует весну, развитие и жизненный рост, расцвет, подъем, радость.
Соловей («курский соловей») - традиционный символ музыкальности, творчества и скромности (все его слышат, но мало кто видит).
Колосья символизируют основной род деятельности жителей современного Железногорского района – сельскохозяйственное производство. Колос – символ земледелия, плодородия, трудолюбия и единства.
Таким образом, во флаге Железногорского района языком геральдических символов и аллегорий гармонично отражены особенности его местности и основной вид деятельности населения.
Применённые во флаге цвета дополняют его символику:
красный цвет (червлень) – символ труда, жизнеутверждающей силы, мужества, праздника и красоты;
синий цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, добродетели и свободы;
желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.

Авторская группа:
идея флага: Члены комиссии по геральдической разработке: Владимир Владимирович Пантюхов, Александр Дмитриевич Фролков, Геннадий Михайлович Сухов, Геннадий Витальевич Астахов, Алексей Иванович Полянский, Михаил Васильевич Бородин, Валентина Александровна Елисеева;
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Ольга Френкель (Москва).

По информцаии К.Ф. Моченова