Район образован в 1925 году в составе Барабинского округа Сибирского края как "Нижне-Каргатский", в 1933 переименован в Здвинский. С 1937 года входит в Новосибирскую область. В 2004 году муниципальное образование "Здвинский район" получило статус муниципального района. В его составе созданы несколько сельских поселений. Законом Новосибирской области от 03.03.2026 года на базе Здвинского муниципального района образован Здвинский муниципальный округ (с переходным периодом до 01.01.2031 г.).

Первый вариант флага района утверждён Решением Совета депутатов Здвинского района № 20 от 28 декабря 2006 года:

Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех разновеликих вертикальных полос: у древка – красного цвета, несущая изображение желтого кувшина с красным орнаментом в виде раковины; средняя – белого цвета с зубцами, обращенными к свободному краю полотнища, и полоса синего цвета, несущая изображение белого лука с черной тетивой и желтым колосом, положенным на лук в виде стрелы вершиной вверх. Отношение ширины полос к длине флага 3:1:8.

Использованы материалы электронной энциклопедии "ВИКИПЕДИЯ" (ред. страницы В. Пермяков) со ссылкой на книгу: Кошелев А. В., Журавков А. Ю. "Официальные символы Новосибирской области и муниципальных образований входящих в её состав" (2012)

Новый флаг Здвинского района утвержден Решением Совета депутатов Здвинского района Новосибирской области от 29 июня 2007 года № 6 "Об утверждении флага Здвинского района" и внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 3453. Авторы флага: Фурцева Н.А., Журавков А. Ю., Кошелев А. В.

Прямоугольное полотнище, состоящее из трёх разновеликих горизонтальных полос: в верху - синего цвета несущее изображение - белого лука с черной тетевой и жёлтым колосом, положенным на лук в виде стрелы вершиной вверх; средний -белого цвета с зубцом, обращенным к верхнему краю полотнища и нижней красного цвета.Отношение ширины полос к ширине флага определяется как 6:2:2. Отношение ширины флага к его длине 2 : 3.

Рисунок флага взят из "ВИКИПЕДИИ" (ст. "Флаги Новосибирской области"). Описание флага - от В. Маркова