Символы муниципального образования утверждены Решением Совета депутатов МО "Якшур-Бодьинское" №3/44.8 от 27 июля 2016 года. Согласно тексту Положения о гербе и флаге:

2.1. Геральдическое описание флага
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех вертикальных полос: зеленого, белого, голубого цветов. В центре на белой полосе фигура из герба муниципального образования «Якшур-Бодьинское» - символ оберега (пус).
2.2. Толкование символики флага
Белый цвет напоминает о том, что в удмуртском селе теперь проживает более десяти представителей разных национальностей. Белый цвет – это свобода, единство людей, чистота нравственных устоев и чистота окружающей нас атмосферы.
Зеленый цвет – цвет леса, одного из основных богатств района, символ воплощения оберегающих сил спокойствия.
Голубой цвет обозначает цвет голубого неба, отражающегося в водоеме, а также является символом основного источника жизни – воды. Голубой цвет – символ чистоты нравственных устоев.
Оберег (пус) – бортное пятно (тамга), символ, состоящий из четырех красных лент, означающий род, отечество, родину, родной дом. В комплексе голубой, белый и зеленый цвета полотнища флага символизируют земное воплощение дружбы, взаимовлияния и взаимопомощи народов, населяющих район.

Источник - сайт Совета депутатов Якшур-Бодьинского МО (cообщение В. Маркова)