До 2021 года существовал Якшур-Бодьинский муниципальный район. В 2021 году муниципальный район преобразован в муниципальный округ (но в названии округа слово "район" сохранено; район также сохранился и как административно-территориальная единица).

Положение о флаге Якшур-Бодьинского муниципального района утверждено Решением Совета депутатов муниципального образования "Якшур-Бодьинский район" УР № 11/381 от 23 декабря 2005 года. Согласно тексту Положения:

"1. Геральдическое описание флага
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: зеленого (вверху, шириной в 3/4 от ширины полотнища) и синего цветов. Вдоль древка – вертикальная полоса желтого цвета шириной в 1/4 от ширины полотнища. В центре зеленой полосы – фигура из герба муниципального образования «Якшур-Бодьинский район»: обернувшаяся куница желтого цвета с поджатым хвостом.
2. Толкование символики флага
Голубой цвет обозначает цвет голубого неба, отражающегося в водоеме, а также является символом основного источника жизни – воды. Голубой цвет – символ чистоты нравственных устоев.
Желтый цвет – цвет золота, спелой ржи, символ трудолюбия, плодородия земли, цвет солнца и символ жизни.
Силуэт куницы – пушного зверя – символ социально-экономических отношений, так как пушнина издавна является аналогом денег у удмуртов, в жизни которых охота занимает особое место.
Зеленый цвет – цвет леса, одного из основных богатств района, символ воплощения оберегающих сил спокойствия.
В комплексе голубой, зеленый и желтый цвета полотнища флага символизируют земное воплощение дружбы, взаимовлияния и взаимопомощи народов, населяющих район".

По материалам сайта Якшур-Бодьинского муниципального района

Флаг Якшур-Бодьинского района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2105.