Флаг Вожегодского района утверждён Решением Комитета районного самоуправления Вожегодского муниципального района Вологодской области от 15 мая 2003 года №25 "О гербе и флаге Вожегодского муниципального района Вологодской области". Этим же Решением утверждены "авторизованный рисунок" флага и Положение о нём. Согласно тексту Положения о флаге:

"1.2. Флаг Вожегодского муниципального района представляет собой зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур и цветов полей герба Вожегодского муниципального района в упрощенной версии с лазурными (голубыми) полосами по краям, каждая в 1/6 длины флага".

Решением Представительного Собрания Вожегодского муниципального района Вологодской области от 26 апреля 2007 г. №19 "О гербе и флаге Вожегодского муниципального района" был утвержден новый флаг района. Согласно тексту Положения о флаге:

"2. Описание и обоснование символики Флага
2.1. Описание Флага: зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур и цветов полей герба района в упрощенной версии с лазурной (голубой) полосой по центру в 1/3 длины Флага".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 3349

Материалы предоставлены М.В.Ревнивцевым со ссылкой на справочную правовую систему "ГАРАНТ"

В 2022 году Вожегодский муниципальный район был преобразован в Вожегодский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Вожегодский район сохранился.