В 2005 году в составе Наро-Фоминского муниципального района было создано МО "cельское поселение Волчёнковское". Центр поселения - деревня Волчёнки. Летом 2017 года МО "Наро-Фоминский муниципальный район" упразднено, создано новое МО "Наро-Фоминский городской округ". Все муниципальные образования в составе муниципального района упразднены. Однако, как административно-территориальная единица район сохранен, города и села в его составе сохранили свой статус.

Флаг Волчёнковского утвержден решением Совета депутатов сельского поселения Волчёнковское Наро-Фоминского муниципального района от 16 августа 2007 года № 6/21 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3590. Описание флага:

"Прямоугольное голубое полотнище с соотношением сторон 2:3, вдоль верхнего края которого - красная полоса шириной 1/4 ширины полотнища, несущая изображения трех желтых сближенных колосьев; в середине голубой полосы белое изображение волка с желтыми глазами из герба поселения".

Обоснование символики флага сельского поселения Волчёнковское.
Основной фигурой флага поселения является волк - гласный символ, указывающий на название поселения и деревни Волчёнки - административного центра поселения.
Волк (это имя означает "свет" в переводе с греческого), в средневековье воспринимался не очень доброжелательно, он представлялся символом зла из-за его свирепости, хитрости и жадности. Однако известно, что легендарных Ромула и Рема (основателей Рима) вскормила волчица, а Маугли, вскормила и воспитала волчья стая. В русских сказках волк порой выступал с положительной стороны, помогая Ивану-царевичу добыть Василису Прекрасную. Поэтому символика волка (волчицы) несет и положительные черты:
-символ материнства, заботы о потомстве;
-символ благоразумия;
-символ осторожности.
Колоски символизируют сельскохозяйственную направленность производственной деятельности поселения.
Символика колоса многозначна:
-символ возрождения, пробуждения к жизни;
-символ плодородия и изобилия;
-символ скрытых возможностей, потаенных сил.
Авторская группа:
идея флага: Сергей Шохин, Татьяна Петрова (Наро-Фоминский р-н), Константин Моченов (Химки);
художники: Оксана Фефелова (Балашиха), Галина Русанова (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

По сообщению А.Куприна ("БИАР", г.Москва), использованы также материалы сайта Союза геральдистов России.

Решением Совета депутатов СП Волсёнковское от 13 ноября 2012 года № 11/38 в решение о флаге (16.08.2007 г.) внесены изменения, принята новая редакция положения о флаге, но сам флаг не изменился.