Решением Вилюйского Улусного Собрания №36 от 18 июня 2003 года "Об утверждении Положения "О флаге МО "Вилюйский улус (район) РС (Я)" был утвержден флаг Вилюйского улуса с таким описанием:

Флаг ... представляет собой: прямоугольное полотнище, состоящее из четырех горизонтальных полос соответственно светло-синего, жёлтого, зелёного и тёмно-синего. Отношение длины полотнища и ширины 3:2. Символика флага муниципального образования "Вилюйский улус (район)" РС (Я): Светло-синий цвет - символизирует тюркское происхождение народа Саха, пронзительную синеву нашего чистого неба, величие нашего мира. Жёлтый цвет - символизирует нашу богатейшую и необъятную природу, это цвет надежды, цвет возрождения, наше трепетное отношение к матушке-природе. Тёмно-синий цвет - это цвет нашей священной, седой госпожи, нашей реки - Вилюй и мы, Вилюйчане, ее дети".

Решением Вилюйского Улусного Собрания Муниципального района "Вилюйский улус (район)" от 24 апреля 2007 года №413 в Положение о флаге внесены изменения. Конкретно, уточнено обоснование символики:

"Синий цвет - символизирует тюркское происхождение народа Саха, пронзительную синеву чистого неба, величие нашего мира и цвет священной, седой госпожи, рекий Вилюй и мы, Вилюйчане, ее дети. Жёлтый цвет - символизирует нашу нашу особую легендарную колоритность - это цвет наших поющих песков, кроме того, это цвет нашего светила - Солнца. Зеленый цве - символизирует нашу богатейшую и необъятную природу, это цвет надежды, цвет возрождения, наше трепетное отношение к матушке-природе".

Судя по документам 2007 года, в описание флага изменений не вносилось, однако фактически флаг стал трехполосным. Это подтверждают и фотографии реальных используемых в районе флагов (в т.ч. флаг рядом с главой района).

Источник - сообщение В.Пермякова