Флаг МО "Верхне-Куэнгинское" утвержден решением Совета сельского поселения «Верхне-Куэнгинское» от 17.05.2023 г. № 99. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14363. Описание флага:

"Прямоугольное синее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба сельского поселения «Верхне-Куэнгинское», выполненные в синем, белом и желтом цветах. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага сельского поселения «Верхне-Куэнгинское».
Флаг сельского поселения «Верхне-Куэнгинское» составлен на основе герба сельского поселения «Верхне-Куэнгинское».
Административным центром сельского поселения «Верхне-Куэнгинское» муниципального района «Сретенский район» Забайкальского края является село Верхняя Куэнга, расположенное на юго-западе района, на левом берегу реки Куэнга (приток реки Шилка), в 58 км от Сретенска. Село возникло в начале XVIII века, в 1851 году его население было зачислено в пешую часть Забайкальского казачьего войска. Вскоре село стало считаться Куэнгинской казачьей станицей и именоваться Куэнга, впоследствии Верхняя Куэнга.
В основу символики поселения, положены природные, исторические и этнические особенности территории.
Состав поселения из трех населенных пунктов аллегорически показан волнистой перевязью, где широкая серебряная (белая) часть – село Верхняя Куэнка, а узкие: лазоревая (синяя) – село Болотово, стоящее в устье реки Ишакан; серебряная (белая) – разъезд Шапка.
Центральной фигурой флага является олень – древний образ в христианском символизме, отражающий победу над силами зла. Олень является и древним символом сибирской (забайкальской) земли, отраженный в многочисленных наскальных изображениях эпохи неолита и бронзового века. Его образ был запечатлен на тамгах тунгусских (эвенкийских) родов, которые издревле обитали на берегах Шилки и ее притоках. В XVII–XIX веках олень присутствовал на гербах и печатях старинных сибирских городов Мангазеи и Селенгинска, где служил «эмблемою воина, перед которым бежит неприятель». Данный исторический контекст в полной мере характеризует символику сельского поселения «Верхне-Куэнгинское», поскольку его жители – прямые потомки забайкальских казаков. Олень символизирует их непобежденную силу воли и крепость духа. В переводе с эвенкийского языка Куэнга означает «оленья река», поэтому олень изображен восстающим из речной волны, что является «гласным» видом символики, отражающим как водные богатства региона, так и экономическую и культурную перспективу развития поселения.
Таким образом, символика сельского поселения «Верхне-Куэнгинское» включена в его начальный исторический контекст, показывает бережное отношение населения к природным ресурсам региона и своей истории, верность народным традициям, сохранение преемственности многих поколений.
Примененные во флаге цвета и металлы символизируют:
–синий цвет (лазурь) – символ ясного неба, верности и справедливости, красоты, благородства, любви к Родине, гордости и славы, он представляет высоту и глубину, постоянство и преданность, правосудие и совершенство;
–белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
–желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, прочности, богатства, величия, урожая.

Авторская группа:
идея: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва);
обоснование символики: Ирина Куренная (Чита).

По сообщению К. Мочёнова