Поселок городского типа Усть-Нера - центр Оймяконского улуса, а также единственный населенный пункт в городском поселении Усть-Нера.

Флаг поселка Усть-Нера утвержден решением поселкового Совета депутатов от 23 марта 2023 года № 9, флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14841. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба поселка Усть-Нера в зелёном, синем, белом и желтом цветах".

Обоснование символики
В лазоревом поле изображены горы, стоящие над устьем реки Неры, впадающей в реку Индигирку. Серебряная окантовка гор и снежинка являются символом холода, визитной карточкой Оймяконья. Над тремя гребнями высится гора Юрбэ, самая высокая гора в окрестностях поселка Усть-Нера (высота 2111 м.).
Перекрестье золотых геологических молотков и золотых самородков на зеленом поле изображены в честь геологов-первопроходцев, впервые разведавших здесь богатое месторождение золота и основавших поселок в 1937 году.

Материалы геральдического архива В. Маркова