Флаг Усть-Начинского СП утвержден решением Схода граждан сельского поселения "Усть-Начинское" от 04 августа 2023 года № 3 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 14523.

Описание флага сельского поселения «Усть-Начинское» гласит:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба сельское поселение «Усть-Начинское», выполненные в белом, синем, желтом и черном цветах Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага сельского поселения «Усть-Начинское».
Флаг сельского поселения «Усть-Начинское» составлен на основе герба сельского поселения «Усть-Начинское».
Во флаге сельское поселение «Усть-Начинское» языком геральдических символов и аллегорий гармонично отражены его название, особенности географического расположения, природные богатства и основной вид деятельности местного населения.
Сельское поселение «Усть-Начинское» – муниципальное образование в Сретенском районе Забайкальского края. Административным центром является село Усть-Начин, расположенное в 700 км от города Читы на правом берегу реки Газимур недалеко от впадения в неё реки Начин, которая и дала название селу – Усть-Начин.
Газимур – река в Забайкальском крае, левый приток реки Аргунь. Длина – 592 км. Газимур характеризуется прозрачной и чистой водой, неглубоким каменистым дном. Посмотрев вглубь, можно увидеть дно реки с разными камнями – большими и маленькими, интересных форм и расцветок. Река имеет свою историю, связанную с событиями, когда в первой половине XVIII века здесь были обнаружены крупные месторождения серебряной руды и началась их разработка. Серебро (белый цвет) – символ богатых окрестных угодий, которыми природа щедро одарила сельское поселение «Усть-Начинское». Лазоревое (синее) и серебряное косвенно-волнистое шахматное поле флага поселения символизирует слияние рек, а также их каменистое дно. Перемена цвета с лазури на серебряный цвет аллегорически указывает на единство трудов человека и природных богатств.
По Газимуру и Начину нет постоянного сплава и судоходства, но воды рек благоприятны для жизни разнообразных рыб и других обитателей. Рыбы на флаге указывают на одно из основных занятий местных жителей – рыболовство. Две сообращенные рыбы (ленок) дополняют символику слияния двух рек – Газимура и Начина. Ленок – яркий представитель семейства лососевых, но исключительно их пресноводный собрат. Он предпочитает жить в реках с чистой холодной водой, с грунтом, состоящим из гальки, камней либо крупного песчаника. Справляясь с быстрым течением забайкальских рек, обладая умением плыть против него, ленок идет наперекор трудностям. Во флаге сельского поселения «Усть-Начинское» ленок – символ мужества и решимости его жителей, указывает на их крепкий характер и стойкость в непростых природных и погодных условиях. Символика рыбы неотделима от символики воды и означает всеобщее обновление природы.
Расположение рыб в стропило – символ силы, устремленной вверх, что указывает на перспективу развития поселения и его совершенствование. Стропило также аллегория чума – традиционного жилища эвенков, которые с давних времен жили на территории поселения и явились основателями села Усть-Начин в XVIII веке.
Таким образом, геральдические фигуры и цветовое решение флага сельского поселения «Усть-Начинское» символизируют его историю, указывают на связь поколений и бережное отношение местных жителей к своему прошлому, настоящему и устремление в будущее.
Примененные во флаге цвета символизируют:
желтый цвет (золото) – символ прочности, богатства, величия, великодушия;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, верности, надежности и доброты;
синий цвет (лазоревый) – символ ясного неба и водных ресурсов, представляет высоту и глубину, постоянство и преданность, правосудие и совершенство;
черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, свободу, покой.
Авторская группа:
идея флага: Денис Судаков (Сретенск), Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Ирина Куренная (Чита), Екатерина Моченова (Москва).

По информации К. Моченова