Флаг сельского поселения Ульт-Ягун утвержден решением Совета депутатов сельского поселения Ульт-Ягун от 12 января 2010 года №53 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 5853. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из шести горизонтальных полос: голубой, желтой, голубой, желтой, зеленой, желтой в соотношении 14:1:1:2:1:1. На голубой полосе полотнища расположен знак, символически изображающий традиционное жилище на фоне восходящего солнца. Знак воспроизведен в желтом, черном и белом цвете".

Обоснование символики флага сельского поселения Ульт-Ягун.
Флаг разработан на основе герба сельского поселения Ульт-Ягун.
Стилизованное изображение чума на фоне восходящего солнца говорит о том, что до образования поселения в августе 1975 года вблизи его жили в чумах коренные жители - ханты. И в настоящее время с коренным населением в мире и согласии живут люди разных национальностей. Чум народа ханты и восходящее солнце говорит о единении народов, о неисчерпаемых и еще неиспользованных кладовых нашего края.
Черный цвет символизирует богатство недр края - здесь расположен ряд нефтяных месторождений: Федоровское, Родниковое, Савуйское, Кечемовское, Русскинское, Нивагальское, Равенское, Восточно-Придорожное. Далеко за пределами муниципального образования известно своими запасами лечебной грязи озеро Вач-Лор.
Желтые (золотые) полосы аллегорически показывают важную роль железной дороги в жизни местного населения - Ульт-Ягун является узловой станцией и на железной дороге работает большая часть местных жителей.
Желтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, уважения, интеллекта.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания; цвет бескрайних северных просторов.
Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста.
Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений.
Авторская группа:
идея флага: Владимир Афонин (Ульт-Ягун);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки), Михаил Медведев (Санкт-Петербург);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Владимир Афонин (Ульт-Ягун), Кирилл Переходенко (Конаково).

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России