Флаг Улаганского района утвержден решением Совета депутатов МО "Улаганский район" от 28 декабря 2004 года № 16-5 "Об утверждении Положений о флаге и гербе МО "Улаганский район".

"Флаг МО «Улаганский район» представляет собой прямоугольное полотнище из шести горизонтальных полос: верхняя - белого цвета, нижняя - голубого, узкие - две белого, зеленого, голубого цветов.
Два цвета флага МО «Улаганский район» соответствуют цветам государственных Флагов Российской Федерации и Республики Алтай и подчеркивают, что МО «Улаганский район» является муниципальным образованием Республики Алтай Российской Федерации.
Голубые полосы являются символами чистоты гор, рек и озер Улаганского района и цветом высшего разума.
Зеленая полоса является символами богатства земли, лесов и полей Улаганского района.
Белая большая полоса олицетворяет вечность, стремление к возрождению, любви и согласию народов на территории МО «Улаганский район». Две белые узкие полосы олицетворяют две большие реки района - Челушман и Башкаус.
Отношение ширины флага к его длине 1:2.
Соотношение полос составляет сверху вниз следующим образом:
первая - верхняя большая белая полоса 60% от ширины флага;
вторая - верхняя узкая голубая полоса 5% от ширины флага;
третья - средняя узкая белая полоса 5% от ширины флага;
четвертая - узкая зеленая полоса 5% от ширины флага;
пятая - узкая нижняя белая полоса 5% от ширины флага;
шестая - большая нижняя голубая полоса 20% ширины флага.

Источник - http://улаган.рф/simvol.html 2013 г.

Новый флаг района утвержден решением сессии Совета депутатов МО «Улаганский район» 12 марта 2020 г. № 10-16. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище ... цвета с отношением ширины к длине 2:3, на голубом воспроизводятся фигуры герба муниципального образования «Улаганский район»: белый бегущий конь, сопровождаемый снизу белой трёхглавой остроконечной горой (причём средняя вершина горы выше остальных), с красным расторгнутым посередине основанием, выше которого гора обременена двумя расположенными друг под другом отвлечёнными укороченными нитевидными голубыми выщербленными поясами (причём пояс расположенный сверху короче); а сверху коня сопровождает жёлтое солнце (без лица) прямыми расширяющимися лучами, три из которых короткие и расположены сверху, а справа и слева от диска солнца отходят в каждую сторону косвенно вниз по два длинных луча".

Источник - "ГЕРАЛЬДИКА.РУ". Текст документа предоставлен В. Пермяковым.

Геральдический совет при президенте РФ порекомендовал пересмотреть дизайн флага, сделав его соответствующим гербу.