Поселок Углегорск основан в 1961 году. В 1969 году поселок переименован в "Свободный-18". В 1992 году как и остальные закрытые поселки в России Свободный-18 стал "закрытым административно-территориальным образованием" (ЗАТО). С 1994 года - "закрытое административно-территориальное образование поселок Углегорск" В 2001 году введено новое название "ЗАТО Углегорск". После муниципальной реформы ЗАТО приобрело статус городского округа. Административный центр городского округа - посёлок Углегорск, территориально в состав ЗАТО входил также космодром "Свободный" (закрыт в 2007 году), ныне строится также космодром "Восточный". Уголь в этом поселке никогда не добывали, а название было придумано "для отвода глаз", т.к. ракетные шахты маскировали под угольные.

В декабре 2015 года указом президента РФ поселок Углегорск переименован в город Циолковский. При этом название муниципального образования "ЗАТО Углегорск" сохранилось. Но затем и ЗАТО было переименовано. Теперь это "ЗАТО Циолковский". Муниципальное образование ЗАТО Циолковский имеет статус городского округа

Флаг ЗАТО Циолковский утвержден решением Думы ЗАТО Циолковский № 01 от 24.01.2023 (о внесении изменений). Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14338. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех горизонтальных полос, сверху вниз: синего цвета шириной 2/3 ширины полотнища, желтого цвета шириной 1/9 ширины полотнища и зелёного цвета шириной 2/9 ширины полотнища; в центре полотнища со смещением вниз земной шар белого цвета, диаметром 1/2 ширины полотнища, и условной сеткой координат синего цвета, выше которого на синей полосе три наконечника стрел белого цвета с пламенем красного цвета вместо втулок".

Источник - материалы геральдического архива В. Маркова