Флаг Тоджинского кожууна утвержден Решением Хурала представителей Тоджинского кожууна от 23 декабря 2016 года № 45.

"Описание ФЛАГА:
Флаг имеет форму прямоугольника. Соотношение сторон флага - 1:2.
Цвета флага кожууна повторяют цвета герба, а также некоторые фигуры герба также повторяются во флаге. Цвета проекта герба и флага Тоджинского кожууна (белый, синий, желтый), кроме зеленого, соответствуют цветам Государственного герба и флага Республики Тыва (голубой, желтый, белый).
Описание символики ФЛАГА:
Как и в гербе, верхнее лазурное поле флага символизирует небо. А серебряный зубчатый пояс символизирует горно-таежную местность кожууна. Зеленое нижнее поле олицетворяет тайгу, которая покрывает большую часть территории кожууна. Тамгообразный знак оленя олицетворяет главную хозяйственную особенность кожууна – традиционное оленеводство.

По сообщению В. Маркова. Текст документа прислан В. Пермяковым.

Флаг МР "Тоджинский кожуун" утвержден решением Хурала представителей Тоджинского кожууна от 27 марта 2020 года № 18 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 13006.

Описание флага Тоджинского кожууна:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Тоджинского кожууна, выполненные синим, зеленым, белым и желтым цветом. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую».

Обоснование символики флага Тоджинского кожууна.
Флаг Тоджинского кожууна составлен на основании герба Тоджинского кожууна и повторяет его символику.
Тоджинский кожуун расположен на северо-востоке Республики Тыва по своим природно-климатическим условиям относится к районам Крайнего Севера и является крупнейшим по площади кожууном республики.
Во флаге Тоджинского кожууна языком символов и аллегорий отражены его географические и природно-климатические особенности, богатства природы, а также основные направления традиционной хозяйственной деятельности коренного населения тувинцев-тоджинцев – представителей малочисленных народов Сибири.
Первое упоминание о тувинцах-тоджинцах было сделано известным исследователем народов Сибири Григорием Ивановичем Спасским ещё в начале XIX века. Благодаря работам Г. И. Спасского известно, что основным видом хозяйственной деятельности тоджинцев был круглогодичный охотничий промысел на мясных животных, главным образом копытных, и сезонный – на пушных, а также кочевое оленеводство – вьючно-верховое, с доением оленей.
Пересечение двух желтых полос аллегорически образует форму чума – традиционного жилища тоджинцев, описанного Г. И. Спасским в своих трудах. Летом чумы крыли выделанной берестой, а в холодное время года – обработанными шкурами копытных.
Символика оленя многозначна:
- олень символизирует охотничий промысел: Тоджинский кожуун богат пушным зверем, дикими копытными животными, рыбой, боровой дичью и водоплавающими птицами;
- олень – символ благородства, достоинства, возрождения. Бегущий олень – символ развития, прогресса и стремления к достижению цели.
Олень и чум, как бы укрывающий его под своим сводом, символизируют традиционный уклад жизни тоджинцев, а также бережное отношение местных жителей к природе, их стремления сохранить и приумножить животный и растительный мир.
Природа Тоджинского кожууна лаконично отражена в делении поля флага:
- зеленая часть символизирует тайгу, которая покрывает большую часть территории кожууна – Тоджинскую котловину;
- синее поле символизирует многочисленные реки и озера Тоджинского кожууна.
Кувшинки – внесенное в Красную книгу РФ водное растение, произрастающее на территории Тоджинского кожууна. Кувшинка – символ чистоты, красоты, доброжелательности и открытости.
Белый цвет кувшинки и северного оленя – цвет снега и льда – символизирует Тоджинский кожуун как район Крайнего Севера, с характерными суровыми природными условиями.
Примененные во флаге цвета дополняют его символику:
зеленый цвет – символ жизни, молодости, природы, роста, здоровья;
синий цвет (лазурь) – символ чистого неба, возвышенных устремлений, взаимоуважения и согласия в обществе;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, невинности, мира, в то же время белый цвет перекликается с цветом чая с молоком – традиционного напитка, ассоциирующегося с гостеприимством и доброжелательностью тувинцев;
желтый цвет (золото) – символ солнца как источника жизни, изобилия и искренности, высшей ценности, величия и богатства, кроме того золото считается цветом буддизма.
Авторская группа:
идея флага: Аида Комбу (с. Тоора-Хем);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки), Юрий Фрейман (Кемерово);
художник: Аида Комбу (с. Тоора-Хем), Анна Гарсия (Москва);
компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва);
обоснование символики: Ольга Френкель (Москва).

По материалам сайта Союза геральдистов России. Текст документа прислан В. Пермяковым.