Флаг Сторожевского 2-го сельского поселения утверждён решением Совета народных депутатов Сторожевского 2-го сельского поселения от 02.07.2024 г. № 147. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 15009. Согласно тексту Положения о флаге:

Описание флага Сторожевского 2-го сельского поселения:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из желтой и зеленой частей, разграниченных дугой, выходящей по верху на 1/5 длины от свободного края до 1/5 от длины флага по низу от древка с изображением поверх неё фигур из герба Сторожевского 2-го сельского поселения, выполненные желтым, белым и синим цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую". Обоснование символики флага Сторожевского 2-го сельского поселения.
Флаг Сторожевского 2-го сельского поселения создан на основе герба Сторожевского 2-го сельского поселения и повторяет его символику, учитывая историю образования села, а также имеющиеся в поселении символы, показанные на въездной стеле.
Сторожевское 2-е сельское поселение расположено в северо-восточной части Лискинского муниципального района в 20 километрах от города Лиски. В начале ХХ века здесь начали выделять землю крестьянам крупных сел Коротоякского уезда: Россошек, Сторожевого и Мастюгино. Во флаге это символически показано яблоком с двумя листами. На новое место люди принесли с собой и названия тех сел, в которых они жили до этого. В 1968 году, решением Воронежского облисполкома, все три населенные пункта были объединены в одно с общим названием: «Второе Сторожевое», в настоящее время: «Сторожевое 2-е».
Черноземные почвы и благоприятный климат стали основой для успешного развития сельского хозяйства в сельском поселении. Основой местной экономики многие годы был плодосовхоз «Садовый» образованный в 1972 году, который был крупно отраслевым хозяйством в Воронежской области с несколькими отделениями, основная часть которых располагалась на территории современного села 2-е Сторожевое по двум причинам: во-первых, благоприятные условия для выращивания яблок, во-вторых близкое расположение к железнодорожной станции в Среднем Икорце, для транспортировки урожая в регионы Сибири и Крайнего Севера. В настоящее время многие жители села в своих подворьях занимаются выращиванием клубники, малины и яблок. Яблоко – символ вечности, цельности, жизни, здоровья и знания. Яблоко как плод древа жизни, символизирует успех в жизни и получение удовольствия от успеха, а во флаге сельского поселения оно означает еще и садоводство: это яблоневые сады, существование которых говорит о возрождении традиций и последовательном их продолжении местными жителями.
Золотой (желтый) цвет – символ урожая, богатства, стабильности, жизненной силы и зеленый цвет – символ молодости, жизненного роста, природы дополняют сельскохозяйственную символику.
Лазорево-серебряная, изогнутая перевязь на желто-зеленом полотнище, бесконечной лентой уходящая за его края, аллегорически символизирует:
– образную древнюю сторожевую защитную линию, давшее название селу;
– визитную карточку села Сторожевое 2-е – пруд-водохранилище, протянувшийся вдоль всего села. Запруда, созданная для орошения близлежащих сельхозугодий, с годами стала просто зарыбленным водохранилищем. В мелиорации оно уже не используются и является излюбленным местом отдыха не только жителей села, но и любителей рыбалки и отдыха всего района. Лазоревая часть перевязи – символ реки Топки, водохранилища и искусственно созданных прудов на этой реке.
Серебряная часть перевязи - аллегория дороги-улицы, проходящей всего села. Дорога не только удобство для сокращения расстояний, но и символ движения, преодоления, прогресса, новых впечатлений и встреч. Жизнь человека часто сравнивается с дорогой, которую должен пройти каждый.
Перемена цвета поля с золота на зеленый цвет и обратно на яблоке с зеленого на золото – аллегорически указывает на единство трудов человека и природных богатств.
Таким образом, во флаге сельского поселения языком геральдических символов и аллегорий лаконично отражены его история, география и основные достопримечательности.
Примененные во флаге цвета дополняют его символику:
желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости и примирения;
зеленый цвет - символизирует природу, весну, здоровье, молодость и надежду;
синий цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Авторская группа:
идея флага: Надежда Соколова, Елена Полюхова (обе – с.Сторожевое 2-е), Сергей Рудаков (Тамбов), Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Екатерина Моченова (Москва).

По информации К. Мочёнова