Флаг муниципального образования утверждён решением Совета народных депутатов Скляевского сельского поселения от 16 февраля 2012 года №80 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №7559. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос (в отношении 3:1) малинового и голубого цвета. В середине верхней части полотнища - желтые фигуры двух сообращенных львов, держащих в дальних передних лапах молот, а другой лапой поддерживающих основание корабельной кормы, стоящей килем на голубой части полотнища, в середине которой два сообращенных хариуса".

Обоснование символики флага Скляевского сельского поселения.
Скляевское сельское поселение состоит их 7-ми населенных пунктов, три из которых носят имя одного из сподвижников (и погодков) Петра 1, знаменитого кораблестроителя Федосея Скляева. Федосий Скляев на подаренных за его заслуги Петром 1 землях основал пять сел Скляево. Первые два из них (Скляево 1-е и Скляево 2-е) в последствии объединились и в настоящее время являются административным центром одноименного поселения. В настоящее время в состав поселения входят села Скляево 4-е и Скляево 5-е.
Деяния великого кораблестроителя, много потрудившегося на Воронежской земле в годы создания Азовской флотилии, легли в основу флага поселения. Символика флага многозначна:
- остов корабля - символ более 200 кораблей, галер, шняв и других судов, построенных при участии Федосия Скляева;
- львы - символизируют Нидерланды, Англию, Венецию (в гербах которых - лев). В этих странах Ф. Скляев обучался кораблестроению, и таким образом, они способствовали становлению Российского флота;
- молотки - обобщенный символ труда, созидания;
- голубая часть полотнища с рыбами, перекликающаяся с оконечностью герба Новгорода - символизирует корни Федосия Скляева, отец которого Моисей Скляев - был урожденным новгородцем. Голубой цвет символизирует и протекающие по землям Скляевского поселения Дон и его приток Большую Верейку.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Малиновый цвет (пурпур) - символ власти, славы, почета, благородства происхождения, древности.
Авторская группа:
идея: Константин Моченов (Химки), Михаил Медведев (Санкт-Петербург);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России