Шурышкарский район образован в 1930 году в составе Остяко-Вогульского национального округа. В 1996 году создано муниципальное образование. В 2004 году в составе Шурышкарского района образованы муниципальные образования: Азовское, Восяховское, Горковское, Лопхаринское, Мужевское, Овгортское, село Питляр, Шурышкарское. В 2022 году муниципальный район преобразован в муниципальный округ. Но в названии округа сохранилось слово "район" (муниципальный округ "Шурышкарский район"). Административный центр Шурышкарского района - село Мужи.

Районное Собрание депутатов муниципального образования "Шурышкарский район" 29 июня 1999 года Решением № 65 утвердило герб и флаг муниципального образования.

Полотнище с отношением ширины к длине 2:3, из двух частей - зеленой (к древку) и голубой, несущее изображение фигур герба Шурышкарского района. С левой стороны флаг имеет полосу для крепления древка.

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под № 497.

В тексте использованы материалы газеты
"Новости Югры" №114 (16185) 8.10.1998
Изображение флага предоставлено М.В.Ревнивцеву начальником отдела информатизации Администрации г.Салехарда И.В.Мельниковым.