Флаг района утвержден Решением Щучанской районной Думы от 12 ноября 2009 года № 337 "Об официальных символах гербе и флаге Щучанского района" Описание флага:

"Флаг Щучанского района представляет собой зеленое полотнище, ширина и долина которого соотносятся как 2:3, с белыми, примыкающими к верхнему и нижнему краю полотнища, полосами, каждая из которых имеет восемь кремлевского типа зубцов, из которых крайние видны наполовину; габаритная высота (ширина) каждой полосы равна 1/4 ширины флага; высота каждого зубца составляет половину ширины полосы.
В центре полотнища – круглая эмблема из герба Щучанского района желтого цвета: внутри тонкого кольца – широкое со вписанным в него косвенным крестом, расширяющимся на концах. Диаметр всей эмблемы составляет 3/10 ширины флага.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.
Цветное изображение флага дано в приложении 2 к настоящему Положению.

Материалы справочной правовой системы "Гарант". Использована прорисовка флага В.Пермякова

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №5623.