В 2004 году образовано муниципальное образование Шпаковский муниципальный район, а в его составе - муниципальные образования 1-го уровня: городское поселение "город Михайловск" и сельские поселения: станица Новомарьевская, Верхнерусский сельсовет, Дёминский сельсовет, Дубовский сельсовет, Казинский сельсовет, Надеждинский сельсовет, Пелагиадский сельсовет, Сенгилеевский сельсовет, Татарский сельсовет, Темнолесский сельсовет, Цимлянский сельсовет.

Флаг Шпаковского муниципального района утверждён Решением Совета Шпаковского муниципального района от 24 апреля 2009 года № 123 "Об утверждении официальной символики Шпаковского муниципального района Ставропольского края". Согласно тексту Положения о флаге:

" 2.1.Описание флага муниципального района:
"Флаг представляет собой голубое полотнище с соотношением сторон 2:3, в центре которого серебряный (белый) вилообразный крест, поверх всего - стоящий Святой Архангел Михаил естественных цветов, с пурпурными крыльями, с золотым (желтым) нимбом, в синем одеянии, красном, с золотой (желтой) застежкой, плаще, в красной обуви, вооруженный золотыми (желтыми), в левой руке - щитом, в правой - мечом".

По сообщению Б.Вольфова

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6586.

В 2020 году Шпаковский муниципальный район преобразован в Шпаковский муниципальный округ, все муниципальные образования в составе Шпаковского муниципального района упразднены. Но как административно-территориальная единица Шпаковский район продолжил существование.