Флаг и герб муниципального образования сельское поселение "Шишкинское" утверждены Решением Совета сельского поселения «Шишкинское» муниципального района «Читинский район» Забайкальского края от 28.11.2023 года № 85. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14660. Описание герба:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из четырех равновеликих горизонтальных прямоугольников у древка: синего и бордового, у свободного края: красного и зеленого цветов, воспроизводящее фигуры из герба сельского поселения «Шишкинское», выполненные в желтом и белом цветах.
Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую».

Обоснование символики флага сельского поселения «Шишкинское».
Флаг сельского поселения «Шишкинское» составлен на основе герба сельского поселения «Шишкинское», где языком геральдических символов и аллегорий лаконично отражены его административный состав, природные богатства и основной вид деятельности местного населения. Во все фигуры заложена многозначная символика.
Сельское поселение «Шишкинское» расположено в северной части Читинского района Забайкальского края в 40 км от города Читы.
Большое значение в развитии сельского поселения «Шишкинское» имеет сельское хозяйство, связанное с животноводством, разведением крупного рогатого скота и коневодством. Бык – символ достатка, щедрости, процветания, силы, выносливости. Выделение другим цветом или металлом частей: рогов (как в этом гербе), гривы, глаз, зубов и клыков, языка, копыт – традиционно считается в геральдике не только оформительским приемом, но и подчеркиванием силы, защиты. Фигура головы быка – это аллегория всего крестьянства в целом, крепкого сельского хозяйства как в историческом аспекте, так и в современном, так и в его устремлении в будущее.
Сельское поселение «Шишкинское» состоит из четырех сел: Шишкино, Авдей, Бургень, Подволок, что аллегорически показано в виде четырех частей из которых составлено поле флага;
Административным центром является село Шишкино – одно из старинных селений Забайкальского края. Оно основано во второй половине XVII века, когда сподвижник, посланного в Даурию енисейского воеводы Афанасия Пашкова – боярский сын Логин Шишкин поставил на реке Чите, не доходя несколько верст до Плотбища (будущей Читы) два сруба. Село стало быстро расти. В 1876 году потомки Шишкиных, занимающиеся крестьянским трудом, главным образом разведением крупного рогатого скота, возбудили ходатайство о восстановлении дворянского титула, но им было отказано из-за «недворянского образа жизни». В 1922 году в Шишкино было 105 крепких хозяйств и 586 жителей (грамотных 174 мужчины и 76 женщин). В селе паслись гурты скота, доходящие до полумиллиона голов.
Все села Авдей, Бургень и Подволок основаны в один и тот же исторический период освоения Забайкалья русскими пашенными крестьянами, служилыми и посадскими людьми. Село Авдей названо по имени его первого поселенца (фамилия неизвестна). Село Бургень, обустроенное братьями Перфильевыми на землях старинного инородческого рода носит эвенкийское название, что в переводе означает как «опадающая листва». Село Подволок основано на пути исторического Иргенского волока при переходе через хребет от Ивано-Арахлейских озер и озера Телемба на восток в бассейн рек амурской системы как место, находящееся «подле волока». Здесь русские землепроходцы волочили дощаники и другое снаряжение для освоения новых земель.
– зеленый цвет – символизирует посевные работы, выращивание сельскохозяйственных культур, выпас скота;
– бордовый (пурпурный) цвет - символ древнего происхождения, достоинства и уважения;
– синий (лазоревый) цвет - символ ясного, представляет высоту и глубину, постоянство и преданность, искренность и совершенство;
– красный (червленый) цвет – символ жизненной силы, огня, труда, мужества и стойкости;
Четыре части флага также аллегорически указывают на четыре времени года, как непрерывный цикл сельского хозяйства, в котором в каждое время года ведутся различные работы.
Символика золотой шишки многозначна:
– гласный символ, созвучно названию сельского поселения «Шишкинское».
– символически отражает сохраненные лесные массивы территории, включая сосновый бор, редкий кедр и кедровый стланик.
Таким образом, флаг сельское поселение «Шишкинское» не только отражает его природу и основной вид деятельности местного населения, но также символизирует его историю, показывает связь поколений и бережное отношение местных жителей к своему прошлому.
Примененные во флаге цвета (металлы) дополняют его символику:
– желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, достатка, стабильности, интеллекта;
– белый цвет (серебро) – символ чистоты, верности, надежности и доброты;

Авторская группа:
идея флага: Администрация сельского поселения «Шишкинское»;
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва);
обоснование символики: Екатерина Моченова (Москва), Ирина Куренная (Чита).

Материалы геральдического архива В. Маркова и информация К. Мочёнова