Прежде село Шишкеево имело статус города и называлось "Шишкеев". Городской статус сохранялся до 1925 года. Ныне Шишкеево - село, центр Шишкеевского сельского поселения в Рузаевском районе Мордовии.

Флаг Шишкеевского СП утвержден решением Совета депутатов Шишкеевского сельского поселения от 15 ноября 2023 года № 60/299. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14674.

Описание флага Шишкеевского сельского поселения:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию фигур из герба Шишкеевского сельского поселения в желтом, голубом и малиновом цветах".

Обоснование символики флага Шишкеевского сельского поселения.
Флаг разработан на основе герба Шишкеевского сельского поселения.
Поселение Шишкеево было основано в 1638 году (по другим данным в 1644 году) в качестве опорного пункта Белгородско-Симбирской засечной черты. Здесь было построено укрепление и поселены «служилые люди», которые впоследствии стали ландмилицией – иррегулярными поселенными войсками для охраны границ. Основным же занятием местных жителей стало земледелие и небольшие ремесла, так здесь производили коромысла и решета.
В конце XVIII столетия Шишкеев имел статус уездного города Пензенского наместничества и в этом статусе городу был Высочайше пожалован герб 28 мая 1781 года (по старому стилю), подлинное описание которого гласит: «Въ первой части щита гербъ Пензенскiй. Во второй части, полосатый золотой и голубой щитъ, изъ которыхъ, на трехъ золотыхъ полосахъ, поставлены четыре перепелки, въ знакъ изобилiя оныхъ».
Использование композиции исторического герба в качестве основы флага современного муниципального образования подчеркивает сохранение исторических традиций, бережное отношение жителей к своему прошлому, неразрывную связь многих поколений жителей Шишкеево.
Цвет в геральдике имеет традиционную символику:
Голубой цвет – символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений; цвет бескрайнего неба и водных просторов.
Желтый цвет (золото) – символ урожая, богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
Малиновый цвет (пурпур) – символ славы, благородности, древности происхождения.

Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

По информации К. Мочёнова