Флаг Шилекшинского СП утвержден решением Совета Шилекшинского сельского поселения от 25.09. 2023 г. № 22 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 14529. Описание флага Шилекшинского сельского поселения:

"Прямоугольное полотнище, составленное из двух равных вертикальных полос белого (у древка) и зеленого цвета с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Шилекшинского сельского поселения, выполненные зеленым, белым, красным, и синим цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Шилекшинского сельского поселения.
Флаг Шилекшинского сельского поселения создан на основе герба Шилекшинского сельского поселения и повторяет его символику.
Шилекшинское сельское поселение – муниципальное образование в Кинешемском районе Ивановской области. Административный центр – село Шилекша. Расстояние до районного центра города Кинешма 37 км.
Село расположено на реке Шилеконке, притоке реки Ёлнати, на обеих её берегах, в центральной части Шилекшинского сельского поселения. Название села, по одной из распространенных версий, произошло от названия реки.
Село Шилекша Кинешемского района появилось благодаря тому, что на рубеже XIV–XV веков в этих местах был основан Ферапонтов монастырь. Вскоре неподалеку от обители на реке Шилеконке, притоке Ёлнати, появилась небольшая слободка в одну улицу. В Смутное время село значительно разрослось, так как крестьяне тогда бежали в леса, в том числе ближе к уединенному Ферапонтову монастырю, и селились в Шилекше. В этот период росло население, основывались новые деревни, под пашни и сенокосы осваивались окрестные земли.
В слободе и округе с XVIII века процветали такие промыслы, как гончарный, плетение лаптей, изготовление льняного масла, выжигание древесного угля. Уголь за хорошее качество пользовался спросом, его покупали в кузницы и на мелкие производства в Кинешму и Вичугу. Местные крестьяне делали качественные валенки, заготавливали лес по заказам крупных лесопромышленников и сплавляли его по Ёлнати и далее по Волге. Развитию села способствовало выгодное расположение на торговом пути в Кинешму, Лух, Шую, Юрьевец. Торговали в слободе гончарными и шерстяными изделиями, валенками, товарами бондарного производства. Промыслы и обширная торговая деятельность позволили жителям Шилекши сохранять благосостояние на протяжении всего XIX века. Крынка – аллегория всех промыслов жителей поселения в прошлом и возможности его возрождения в будущем. Особую роль ремесленного производства и торговли в истории Шилекшинского сельского поселения подчеркивает червленый (красный) цвет кувшина – символ труда, предприимчивости и активной жизненной позиции.
Сельское хозяйство стало основой экономики сельского поселения – больше половины территории поселения составляют сельскохозяйственные угодья. Другая часть поселения покрыта лесами, богатыми разнообразной флорой и фауной. Раскинувшиеся на многие километры вокруг лесные массивы дают человеку всевозможные ягоды, грибы, дичь, необходимую в хозяйстве древесину. Флору Шилекшинского сельского поселения символизируют ветки черники. Здесь произрастает большое разнообразие ягод: черника, брусника, клюква, малина и земляника. Большое количество ягод и листьев - аллегория тридцати восьми населенных пунктов, из которых состоит Шилекшинское сельское поселение. Села: Бахарево, Воскресенское, Зобнино, Шилекша, деревни: Афачиха, Бабенково, Базеево, Барсуки, Белоусиха, Вашурово, Верещагино, Вискино, Воронино, Вотолино, Галицкая, Дмитриково, Зубцово, Козлиха, Крайчиково, Лапшиново, Ломки, Льготино, Мостовицы, Нестерово, Олешево, Реутиха, Решетиха, Самсониха, Скоково, Стояниха, Таратино, Трегубиха, Угловатица, Хмельники, Черняково, Шанино, Ширяиха, Шумовская.
Деление полотнища флага на два цвета многозначно:
аллегорически показывает состав поселения из двух сельсоветов: Шилекшинского и Зобнинского;
перемена цвета с белого на зеленый аллегорически символизирует единство трудов человека и природных богатств;
на благоприятные природные и климатические условия для жизни населения и сельского хозяйства;
зеленый цвет – символ богатого урожая и сельского хозяйства, которое благодаря трудолюбию и энтузиазму местных жителей развивалось;
белый цвет (серебро) в геральдике - символ благородства, чистоты, великодушия.
Сине-белая волнистая полоса символизирует водные ресурсы сельского поселения: здесь протекают реки Шилеконка и Елнать.
Таким образом, флаг Шилекшинское сельское поселение не только отражает его природу и основной профиль деятельности местного населения, но также символизирует его историю, показывает связь поколений и бережное отношение местных жителей к своему прошлому.
Примененные во флаге цвета (и металлы) дополняют его символику:
белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
красный цвет (червлень) – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника;
зеленый цвет – символ здоровья, весны, обновления природы;
синий цвет (лазурь) – символ красоты, чести, славы, преданности, истины, добродетели, чистого неба и водных объектов;
Авторская группа:
идея флага: администрация Шилекшинского сельского поселения, Руслан Курочкин (с. Шилекша), Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Екатерина Моченова (Москва).

По информации К. Моченова