В прошлом Шиханы именовались Вольск-17. Город Шиханы составляет "Закрытое административно-территориальное образование г.Шиханы".

Флаг ЗАТО Шиханы утвержден Решением Собрания депутатов ГО ЗАТО Шиханы от 20 августа 2015 года № 4-83-4

2. Флаг представляет прямоугольное полотнище из трех горизонтальных полос: верхняя полоса – белая, средняя – синяя, нижняя – зеленая, в соотношении полос 4:1:1 с двухсторонним изображением в центре белой полосы герба города Шиханы. Габаритная высота изображения герба города Шиханы должна составлять 2/3 высоты белой полосы.
Отношение ширины флага к его длине 2:3.
Белый цвет на флаге символизирует чистоту помыслов, откровенность, правдивость, благородство поступков.
Синий цвет символизирует верность, честность, безупречность.
Зеленый цвет символизирует юность, надежду, окружающую природную среду.

По сообщению В. Пермякова