Флаг Шепсинского сельского поселения утвержден решением № 242 Совета Шепсинского сельского поселения Туапсинского района от 29 июня 2012 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7998. Описание флага.

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Шепсинского сельского поселения Туапсинского района в синем (голубом), зеленом и жёлтом цветах".

Обоснование символики герба и флага.

Герб языком и флаг символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Шепсинское сельское поселение расположено на черноморском побережье Кавказа, в устьях и в нижнем течении горных рек Шепси, Деде и Вольным, на что аллегорически указывает лазоревая (синяя, голубая) нижняя часть герба в виде чешуевидной волны.
Лазоревый (синий, голубой) цвет символизирует честь, искренность, добродетель, возвышенные устремления.
Основой экономики Шепсинского сельского поселения является предоставление услуг в курортной отрасли, на что аллегорически указывает золотое (жёлтое) поле герба
Золото – символ южного солнечного света, стабильности, достатка в уважения.
Изображение дельфинов указывает на их постоянное присутствие вдоль всего побережья поселения. Дельфин – символ дружелюбия, свободы, благородства, любви, удовольствия и безопасности. Дельфин – это аллегория морского отдыха.
Авторская группа:
идея герба; В. Сапелкин (Туапсе), В. Нагаевский (Тихорецк);
изображение и обоснование символики: В. Нагаевский (Тихорецк).

По сообщению М.Шарунова