Флаг Шелеховского муниципального района утвержден Решением Думы Шелеховского МР от 26 ноября 2020 года № 36-рд. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 13302. Согласно тексту Положения о флаге:

Описание флага Шелеховского района:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Шелеховского района, выполненные синим, красным, белым и желтым цветом. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую».

Обоснование символики флага Шелеховского района.
Флаг Шелеховского района составлен на основании герба Шелеховского района и повторяет его символику.
Шелеховский район носит имя известного русского путешественника и исследователя, купца Григория Ивановича Шелехова (Шелихова). Он начал торговлю на окраинах Сибири, занимаясь промыслом морских животных и основывая русские поселения на новых землях. Г. И. Шелехов развивал кораблестроение, хлебопашество, организовывал исследования окружающих земель и населяющих их народов. Г. И. Шелехов – основатель Российско-Американской компании, один из первых исследователей Курильских островов, инициатор торговых отношений с Японией.
Золотой корабль во флаге Шелеховского района символизирует промысловую шхуну «Галиот», ходившую под командованием Г. И. Шелехова. На трех парусниках-«галиотах» в 1783 году экспедиция Г. И. Шелехова достигла берегов Аляски. Парусник – символ странствий, поиска и открытий; раздутые паруса символизирую движение, надежду, удачу и мечту.
Геральдические фигуры – лазоревые столбы (синего цвета) символизируют не только морские просторы, исследованные смелым первооткрывателем Г. И. Шелеховым, но и расположение Шелеховского района на равнине между реками Иркутом и Олхой. Столбы во флаге показаны и как символ опоры, основы и надежности.
Жарок во флаге Шелеховского района подчеркивает неповторимую сибирскую природу. На территории района находятся целебные источники радона и сероводорода, сохранились уникальные лесные массивы, богатые пушным зверем. В то же время, цветок с листьями, расположенными по бокам снизу, своей формой образно напоминает якорь, что дополняет символику корабля.
Во флаге Шелеховского района корабль, лазоревые столбы и жарок-якорь символизируют память потомков о заслугах человека, чьим именем назван центр района – город Шелехов и сам Шелеховский район.
Белое полотнище аллегорически символизирует алюминий – металл серебристого (белого) цвета. Градообразующим предприятием города Шелехова – административного центра Шелеховского района – является один из крупнейших в стране заводов по производству алюминия.
Примененные во флаге цвета дополняют его символику:
красный цвет (червлень) – символ борьбы, свободы, тревоги, мужества, силы, труда, красоты;
синий цвет (лазурь) – цвет морских просторов и мечты о чистом небе, символ духовности;
желтый цвет (золото) – символ богатства и благородства людей, уважения, интеллекта, урожая, стабильности;
белый цвет (серебро) – символ чести, достоинства, чистоты помыслов, совершенства, мира и взаимопонимания.

Авторская группа:
идея флага: Виктор Шаргин (Шелехов);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник: Виктор Шаргин (Шелехов);
компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Ольга Френкель (Москва).

По информации В. Пермякова