Флаг Середняковского СП утвержден решением Совета депутатов Середняковского сельского поселения от 3 августа 2018 года № 26. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12012.

2.1. Описание флага Середняковского сельского поселения:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба Середняковского сельского поселения, выполненные в желтом, зеленом, белом и синем цвете".
2.2. Рисунок флага Середняковского сельского поселения приводится в приложении 1, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.
2.3. Обоснование символики флага Середняковского сельского поселения.
Флаг разработан на основе герба Середняковского сельского поселения, и повторяет его символику которая многозначна и отражает, природные, культурные, профессиональные и исторические особенности поселения.
В состав Середняковского сельского поселения входит семь населенных пунктов: Деревни: Середняя, Задубье, Коркино, Лежнево, Симаково, Становщиково и кордон Сабурка. Многие из них имеют богатую историю. В конце XVI века царь Федор Иоаннович, сын Ивана Грозного, отдал во владение Ипатьевского монастыря слободу Спасскую и деревню Говядиново вместе с другими окрестными селениями: селом Солониковом и деревнями Каримово, Клюшниково, Самково, Середняя и Становщиково.
Одна из главных достопримечательностей Середняковского сельского поселения – знаменитая древняя сосна с раскидистой кроной в Становщиково, являющаяся памятником природы. Очень много легенд ходит про нее по России. Одна из них, что якобы останавливался здесь, причалив к волжскому берегу свои челны, Стенька Разин, даже клад закопал. Сосна, как вечнозеленое дерево – символ вечной жизни, неувядающей силы, долголетия и стойкости.
Деление флага на две равные части образно показывают название центра поселения – деревню Середняя: как бы расположенную между золотыми полями и рекой Волгой, символически показанной синим (лазоревым) цветом. В названии поселения «середина» дополнена геральдическим приемом – делением и переменой цвета ствола и ветвей сосны, что так же аллегорически показывает связь времен, прошлого и настоящего.
Желтое (золотое) поле - символ основы сельскохозяйственного уклада местных жителей, что подчёркивает особую роль сельского хозяйства в экономике поселения.
Середняковское сельское поселение входит в состав Костромского муниципального района, расположенного на берегах реки Волга, что в гербах поселений района показано оконечностью с бегущими волнами.
Применённые в гербе металлы и цвета дополняют символику поселения:
- желтый цвет (золото) - символ солнечного света, знаний, успеха, достижений, богатства;
- белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
- зелёный цвет - символ природы, сельскохозяйственных угодий, надежды и здоровья;
- синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
2.4. Авторская группа:
- идея флага: Игорь Поляков (д. Середняя), Алексей Позин (г. Кострома), Константин Моченов (г. Химки);
- художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (г. Москва);
- обоснование символики: Алексей Позин (г. Кострома), Константин Моченов (г. Химки).

По информации В. Пермякова