Район образован в 1923 году. Название получил по реке Селенге. Центр Селенгинского района - город Гусиноозёрск.

Флаг МО "Селенгинский район" утвержден решением районного Совета депутатов муниципального образования "Селенгинский район" от 19 ноября 2021 года № 154 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 14276. Описание флага Селенгинского района:

"Прямоугольное синее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с распространением на всю его поверхность композиции герба Селенгинского района, воспроизводящее фигуры из герба, выполненные синим, зеленым, белым и желтым цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Селенгинского района.
Флаг Селенгинского района создан на основе герба Селенгинского района и повторяет его символику.
Во флаге Селенгинского района языком символов и аллегория отражена его природа, в гармонии с которой человек освобождается от мирской суеты, обретает способность творить и стремление к высокодуховной жизни.
Три желтые (золотые) фигуры – луны, солнца и огня – образуют традиционный бурятский символ соёмбо (от санскр. swayambhu – «самозародившийся», в старомонгольской письменности soyombu, soyongbu). Соёмбо является древним комплексным символом, (восходящим к индо-буддийскому наследию), традиционный символ вечной жизни, свободы и независимости.
Пламя (огонь) символизирует не только тепло и жизнь, но также считается символом хранителя домашнего очага и благополучия. Три язычка пламени олицетворяют процветание в трёх временах: прошлом, настоящем и будущем.
Солнце – не только древнейший тотем, но и традиционный символ источника жизни, света, силы, богатства и изобилия.
Луна (месяц) – символ циклических процессов, возрождения и плодородия. Фазы и циклы движения луны легли в основу системы восточного летоисчисления, первых календарей. Монгольские народы издавна почитали луну главным светилом и называли «отец-Луна».
Символика серебряного (белого) гуся многозначна:
- это гласный символ названия административного центра Селенгинского района – города Гусиноозёрска;
- белый цвет издревле считался символом единства и целостности;
- воздетые крылья гуся символизируют стремление к развитию и совершенству.
Символику единства человека с природой дополняют зеленые горы и лазорево-серебряные волны.
Зеленые, с серебряными (белыми) заснеженными вершинами, горы символизируют особенности рельефа Селенгинского района, большая часть которого находится в зоне горной тайги.
– символ лечебно-оздоровительных источников Селенгинского района.
Лазорево-серебряные волны символизируют многочисленные водоёмы Селенгинского района, многие из которых являются лечебно-оздоровительными источниками:
- как аллегория пресных вод, лазоревые волны символизируют реку Селенга, давшую название Селенгинскому району, Гусиное озеро (бур. Галуута нуур), являющееся вторым по площади, после Байкала, водоёмом на территории Республики Бурятия, а также другие многочисленные реки и пресные озёра;
- как аллегория солёных вод, серебряные волны символизируют озёра с гласными названиями Сульфатное и Солёное, а также другие солёные водоёмы Селенгинского района.
Примененные во флаге цвета дополняют его символику:
синий цвет (лазурь) – символ безграничного небесного свода, возвышенных устремлений, искренности, добродетели и свободы;
зеленый цвет символизирует весну и природу, здоровье, молодость и надежду;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, неизменности и постоянства.

Авторская группа:
идея флага: Валерий Коршаков (Гусиноозерск);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник: Валерий Коршаков (Гусиноозерск);
компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Ольга Френкель (Москва).

По информации К. Мочёнова