Герб и флаг муниципального образования Сегежский муниципальный район республики Карелия утверждены решением Совета Сегежского муниципального района от 30 октября 2019 года № 81. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12757. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на всю поверхность которого распространена композиция из герба района с заменой геральдических серебра, золота, червлени и лазури соответственно белым, жёлтым, красным и голубым цветами".

Сосна символизирует природу, оконечность щита – озеро Выгозеро. Вырубные кресты – финно-угорский солярный знак, солнце - гидроэнергетика.

По информации В. Маркова. Текст документа прислан В. Пермяковым